大三生物科学专业的科研小白，根据b站jimmy大神的视频总结的一些关于r语言的学习笔记_Rnote_from_jimmy.zip

# 生科人应该这样学R 来自大三生物科学专业的科研小白，跟着b站jimmy大神的视频(https://www.bilibili.com/video/BV1cs411j75B) 总结的一些关于r语言的学习笔记; 你可以下载我的代码(在R_script里)，在你的R Studio里面运行。里面有很多我自己的思考，基本上每条代码都有很详细的注释; 一些代码运行需要数据，我都整理在Data_folder里了，你可以把他们下载到你的工作目录里; ## 代码对应知识点 ### 基础操作： basic_operation.R （基础代码、工具栏、快捷键） ### 数据的导入与导出： data_in/output.R ### 变量操作： 1、varianbles_operation.R （对数化处理，对某/每一行计算，apply函数，排序sort，自定义函数function） 2、max:min_fivenum.R (排序，规定取值，返回：最小值、最大值、fivenum) ### 热图： 1、heatmap.R (构建矩阵，绘制热图，修改热图行列名，聚类分析) 2、help_pheatmap.R (pheatmap包帮助文档的运行脚本解释） ### id转换： id_conversion.R (数据分割，org.Hs.eg.db包检索匹配，调整数据框的列顺序) ### 任意基因任意癌症表达量分组的生存分析 1、survival_analysis.R (下载表达矩阵,绘制小提琴图，绘制生存曲线) 2、help_ggsurvplot.R （ggsurvplot包帮助文档的运行脚本解释） ### 任意基因任意癌症表达量与临床性状(stage)关联 stage_analysis.R （绘制小提琴图，方差分析） ### 表达矩阵的样本的相关性分析 1、correlation.R (关于相关性的理解,绘制热图--数据处理(删除没有意义的数据，提出估计标准差前500的基因)） 2、ac_correlation.R （应用代码：没有冗长的解释和代码拆解） ### 芯片表达矩阵下游分析 Chip_matrix_downstream_analysis.R ### RNA-Seq差异表达分析 RNA-Seq_differ_express_analy.R