biocode 生物信息学Python脚本集合
概述 这是许多人发现的有用的生物信息学脚本和代码模块的集合,这些模块使编写新的脚本更快。 多年来,大多数生物信息学研究人员积累了一系列小型实用程序脚本,使他们的生活更加轻松。它们通常被保存在私人存储库中,或者作为公共收藏的一部分,其他人无法对此做出贡献。Biocode是一个精心策划的通用实用程序脚本库,我和我的同事发现它很有用,并希望与其他人分享。我还开发了一些代码库/模块,使我的脚本编写工作变得更加容易。有些人发现这些比脚本本身更有用。 如果您想了解更多信息,请查看下面的内容,自己编写代码,或者只获取脚本。 --乔舒亚·奥维斯 脚本 这里的范围故意非常开放。我想包括开发人员通常认为有用的任何内容。语言选择没有限制,尽管大多数是Python。目前,以下目录构成初始分组,但将根据需要进行扩展: blast-如果使用、按摩或只是重新格式化blast输出,它会出现在这里。 chado-应该在这里找到与chado模式(gmod.org)相关的脚本。 fasta-过滤、转换、大小分布图等。 fastq-fasta较新姊妹格式的实用程序。 genbank-有什么与genban