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  • 跟老齐学python

    不论是谁,只要用Python,就必须配置Python的开发和运行环境。 这环境是什么?它就是若干个软件程序。 不仅Python,任何高级语言都是需要一个自己的编程环境,这就好比写字一样,需要有纸和 笔,在计算机上写东西,也需要有文字处理软件,比如各种名称的OFFICE。笔和纸以及 office软件,就是写东西的硬件或软件,总之,那些文字只能写在那个上边,才能最后成为一 篇文章。那么编程也是,要有个什么程序之类的东西,要把程序写到那个上面,才能形成最 后类似文章那样的东西。

    2018-07-25
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  • perl实例精解(原书第4版)

    Perl 是一种多用途的开源(免费软件)解释型语言,由称为Perl Porters 的核心开发团队维护 和改进。它主要用作脚本语言,并且运行在众多平台上。尽管Perl 最初是为UNIX 操作系统设计 的,但是它以其可移植性以及现在与大多数操作系统捆绑在一起而著名。这些操作系统包括RedHat Linux、Solaris、FreeBSD、Macintosh 等。由于Perl 的通用性,它通常称为程序设计语言的“瑞士 军刀

    2018-07-24
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  • Linux基础命令豪华版

    在学习Linux的过程中,经常会听到Shell这个词。可能大家在使用Windows的时候有这种感觉,我要听歌 ,我打开一个播放器,那么音箱就可以出声音,要打印一片文档,我们只要在程序中点击一下打印按钮,打印 就会自动的把文档打印出来。但是我们并没有自己手动的控制音箱和打印机等硬件设备,是因为系统已经为我 们作好了。其实我们可以把Windows叫做Shell,我们不用知道打印机的原理,也不需要自己控制它,我们只需 要轻轻的点击一下鼠标,系统为我们来控制这些硬件设备。

    2018-07-24
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  • 鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇(第四版)

    现在的人们几乎无时无刻都会碰计算机!不管是桌面计算机(桌机)、笔记本电脑(笔电)、平板计算机、 智能型手机等等,这些东西都算是计算机。虽然接触的这么多,但是,你了解计算机里面的组件有 什么吗?以桌机来说,计算机的机壳里面含有什么组件?不同的计算机可以应用在哪些工作? 你生 活周遭有哪些电器用品内部是含有计算机相关组件的?底下我们就来谈一谈这些东西呢

    2018-07-24
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  • 三代基因组组装软件

    MECAT is an ultra-fast Mapping, Error Correction and de novo Assembly Tools for single molecula sequencing (SMRT) reads. MECAT employs novel alignment and error correction algorithms that are much more efficient than the state of art of aligners and error correction tools. MECAT can be used for effectively de novo assemblying large genomes. For example, on a 32-thread computer with 2.0 GHz CPU , MECAT takes 9.5 days to assemble a human genome based on 54x SMRT data, which is 40 times faster than the current PBcR-Mhap pipeline. We also use MECAT to assemble a diploid human genome based on 102x SMRT data only in 25 days. The latter assembly leads a great improvement of quality to the previous genome assembled from the 54x haploid SMRT data. MECAT performance were compared with PBcR-Mhap pipeline, FALCON and Canu(v1.3) in five real datasets. The quality of assembled contigs produced by MECAT is the same or better than that of the PBcR-Mhap pipeline and FALCON. Here are some comparisons on the 32-thread computer with 2.0 GHz CPU and 512 GB RAM memory:

    2018-07-03
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  • 生物信息数据库应用

    生物信息库是国家基因库的一个分支,是一个开放性、公益性平台。生物信息库围绕“大数据”为中心,依托国家基因库样本库丰富的生物样本资源及深圳华大基因研究院高通量测序平台、高性能计算平台和信息分析能力,收集海量的基因组、转录组、蛋白组、代谢组及临床表型等数据信息,并致力于搭建生物大数据共享和应用平台。

    2018-07-03
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  • ggplot2数据分析与图形艺术

    第一章 简介   一张统计图形就是数据到几何对象的图形属性的一个映射。其中,几何对象(geometric object,缩写为geom)包括点、线、条形等;图形属性(aesthetic attributes,缩写为aes)包括颜色、形状、大小等。   此外,图形中还可能包含数据的统计变化(statistical transformation,缩写为stats),最后绘制在某个特定的坐标系(coordinate system,缩写为coord)中,而分面(facet,将绘图窗口划分为若干个子窗口)则可以用来生成数据不同子集的图形。一张统计图形就是由上述这些独立的图形部件所组成的。

    2018-07-03
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