LAMMPS最新稳定版单机并行安装成功教程

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Lo: fLags=73<UP, LoOPBACK, RUNNING> mtu 65536 inet1278.0,1 net mask255.0.0,0 inet6:: 1 prefixlen 128 scapeid 0x10chost> roop txqueuelen 0( Local Loopback Rx packets 104430 bytes 6266654(5.9 MiB) RX errors6 dropped o overrunsθ frameθ TX packets 104430 bytes 6266654(5.9 MIB) TX errors o dropped o overruns o carrier o collisions o 在终端中执行: vi /etc/hosts 在打廾的文档最下面添加 XXX XXX.XXX zhjs- pc zhjs-pc xX才记录下来的ip,zhjs-pc是你的计算机的名称 保存 进入/etc文件夹下面,在里面创建一个名称为 mpd. conf的空文件,在里面填写上: MPD SECRETWORD=m45j9z(等号后面的字符串随便写) 保存,然后在终端中给这个文件加上权限: cd / etc chmod 600 mpd. conf 完成。。 测试一下,假如你的系统里有gedt这个文本编辑软件,进入终端输入: pirun -np 2 gedit 如果顺利打开了两个新建文件,则说明配置成功。。。。 你也可以用其他软件尝试 oot(@bogon: /home/Lammps 素(5)终站()帮助(H 未保存文档 # mpirun-mp2 gedit文件)编辑E)查着y搜索S)工具)文档D 包打开ˇ画保存撤消 未保存文档1X色未保存文档2 15安装| amps 进入已经解压的 lammps文件夹下,进入src目录下,然后进入其中的MAKE文件夹下,里面 有个 Makefile. mpi文件,用文本编辑器打开,修改里面的一些东西:(用颜色显示的表示要修 改的) mpi= default mPl compiler, default MPl SHELL =/bin/sh compiler/ linker settings specify flags and libraries needed for your compiler CC= 8++ #mpicxx CCFLAGS=-g-03 SHELAGS= -fPIC DEPFLAGS =-M LINK= g++ #mpicxx LINKFLAGS=-g-O LIB SIZE= ARCHIVE= ar ARFLaGS = -rc SHLIBFLAGS= -shared # LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL specify settings for LAMMPS features you will use if you change any-D setting, do full re-compile after make clean LAMMPS ifdef settings see possible settings in Section 2. 2(step 4)of manual LMP INC=-DLAMMPS GZIP MPl library see discussion in Section 2. 2(step 5 of manual MPl wrapper compiler/in ker can provide this info can point to dummy mpi library in src/sTUBS as in Makefile. serial use-D MPICH and OMPl settings in INC to avoid C++ lib conflicts INC =path for mpi.h, MPl compiler settings PATH= path for MPl library liB name of MPl library MP INC= DMPICH SKIP MPICXX-I/home/vm/mpich3/include MPI PATH -L/home/vm/mpich 3/lib MPI LIB= -Impich -Impl -lpthread FFt libra see discussion in Section 2.2(step 6)of manual can be left blank to use provided KiSs FFT library INC =-DFFT setting, e. g.-DFFT FFTW, FFT compiler settings PAtH= path for FFt library LIB= name of FFT library FFT INC= DFFT FFTW3-DFFT SINGLE-l/home/vmfftw 3/include FFT PATH=-Lhome/vm/fftw 3/lib FFT LIB -lfftw 3f 注意:上面的 FFT INC=中,FFTW有个3,FFTW3 JPEG and/or PNG library see discussion in Section 2.2(step 7 )of manual only needed if -DLAMMPS JPEG or-DLAMMPS PNG listed with LMP INC INC= path(s) for jpeglib. h and/or png. h PATH= path(s) for jPEG library and or PNG library LiB=name(s)of jPEG library and/or PNG library JPG NC= JPG PATHE JPG LIB= # build rules and dependencies do not edit this section include Makefile package settings include Makefile package EXTRA INC=S(LMP INC)S(PKG_ INC)S(MPL_ INC)S(FFT_ INC)S(JPG_ INC)S(PKG SYSINC) EXTRA PATH=S(PKG PATH)S(MPI PATH)S(FFT PATH)S(PG PATH)S(PKG SYSPATH) EXTRA_ LIB= S(PKG_ LIB)S(MPL_LIB)S(FFT_ LIB)S(JPGLIB)S(PKG_ SYSLIB EXTRA CPP DEPENDS=S(PKG CPP DEPENDS EXTRA LINK DEPENDS=S(PKG LINK_ DEPENDS Path to src files vpath %.cpp vpath‰h Link target S(EXE): S(OB)S(EXTRA_ LINK_ DEPENDS S(LINK)S(LINKFLAGS)$(EXTRA PATH)S(OBJ)S(EXTRA LIB)$(LIB)-OS(EXE S(SIZE)S(EXE) Library targets lib: S(OBJ)S(EXTRA LINK_DEPENDS S(ARCHIVE)S(ARFLAGS)S(EXE)S(OBJ) shlib: S(OBJ)S(EXTRA LINK DEPENDS) S(CC)S(CCFLAGS)S(SHFLAGS)S(SHLIBFLAGS)(EXTRA_PATH)-O S(EXE)\ S(OBJ)S(EXTRA LIB)S(LIB) Compilation rules %.0: %. cpp S(EXTRA_CPP DEPENDS S(CC)$(CCFLAGS)(SHFLAGS)S(EXTRA INC)-cs< %d: %.cpp S(EXTRA CPP DEPENDS S(CC)$(CCFLAGS)$(EXTRA INC)S(DEPFLAGS)$<>S@ %.0: %cu S(EXTRA CPP_ DEPENDS S(CC)S(CCFLAGS)S(SHFLAGS)$(EXTRA INC)-cS< Individual dependencies DEPENDS=$(OBJ: 0=d sinclude S(DEPENDS 修改完成后,保存,接下来就是选择性编译了,由于 lammps加入了很多用户自己编写的势 函数或者功能,所以在src目录下有很多文件夹,事实上你只需要编译自己需要的就可以 ,假如你需要 coreshel|模型,会发现里面有个 CORESHELL文件夹(当然很多势函数都是 lammps原生支持的,可能就没有相应的文件夹了,这种情况不需要处理,直接编译就行) ,然后进入 CORESHELL文件夹,发现里面有个 natal.sh文件 Install sh 在此文件夹下进入终端,在终端中运行此文件 sh installs 1 即可,这样在编译的时候就能够把 coreshel模型给加上了 假如我还想安装body这个模型,src文件夹下有一个BODY文件夹,和上面一样进入这个文 件夹运行 nstall. sh文件,但是居然发现里面没有 Install sh这个文件,此时退出这个文件 夹,退到src文件夹下,把src文件夹下的 nstall.sh文件复制到BODY文件夹下,然后在 BoDY文件夹里面进入终端运行此文件: sh install.sh 1 这样,就把bodγ这个模型加上 也就是,如果那个文件夹下有 Install.sh这个文件,则直接执行,如果没有,则把外面的src 文什夹下的 Installs复制进去,然后执行之。(下面有注意事项) 需要的模型配置好后,在src目录下进入终端执行 make mpl 这样就在编译了,如果想使用多个cpu核心一起编译(能显著加快编译速度),可以这样: make mpi-j5 其中5表小使用4个核并行编译 编译过程如果没有出错,会在src目录下生成一个mp_mpi可执行文件,这就是我们想要 的 注意:由于某些原因,并不是所有功能都能够编译,至少我的机子是如此(我的貌似那些 USR-开头的文件夹都不能够编译),我也不想探索了,如果加入的话,你在 make mpi时候会 出错,得不到最终文件。 假如你用上面的方式把 USER-ATC文件夹下的功能加入进去了,编译可能会出错,最后中断 (我的是这样),此时如果你不需要这个功能,你可以把这个功能去掉,去掉的方式是进入 这个文件夹,然后进入终端执行这个文件夹下的 Instal.sh文件: sh installs o 这样就可以把这个功能厶掉了(当然如果你一开始没有加入这个功能的话,就不需要这样 注意,去掉功能之后,你要在src目录下进入终端执行: make clean-all 清除一下,然在再重新编译 make mpi(或并行编译) 所以大家在编译前想要加入一些 lammps本身没有的功能,而 lammps又提供了的功能,最 好只加入你需要的那些功能,不需要的就不要加入了。 祝大家安装成功!!!

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