scipy-0.11.0

SciPy (pronounced "Sigh Pie") 是一个开源的数学、科学和工程计算包。 [转载]正确安装Scipy-0.9和numpy-1.6 http://blog.sina.com.cn/s/blog_7948610e0100tbr9.html 在64位的Linux集群上安装scipy0.9是一个很头疼的问题，因为scipy需要依赖于第三方软件包，例如atlas、blas等。本文以假设第三方软件包已经安装，但是它们均没有在相应的系统环境变量下，因此需要生成相应的配置文件。 1.安装numpy-1.6 在安装scipy-0.9之前，需要安装numpy包，这里选用numpy-1.6版本，安装步骤如下： export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:path/site-packages /opt/blc/python-2.6.5/bin/easy-install-2.6 -d path/site-packages numpy-1.6.0b2.tar.gz 如果一切顺利的话，可以在path/site-packages下看到一个以numpy开头的文件夹。 注：path/site-packages是用户指定的安装目录。 2.安装scipy-0.9 scipy依赖于atlas， 因此需要创建一个配置文件保证在安装scipy-0.9的时候能够确保它找到atlas，具体步骤如下： (1).进入1中安装好的numpy目录下的子文件夹distutils，该目录下有名为site.cfg的文件，如果不存在，可以自行创建site.cfg，之后在site.cfg里面添加如下内容： [atlas] library_dirs = /opt/blc/atlas-3.8.3/lib include_dirs = /opt/blc/atlas-3.8.3/include 完成后保存即可。 (2). /opt/blc/python-2.6.5/bin/easy-install-2.6 -d path/site-packages scipy-0.9.0.tar.gz 等待几分钟后，安装完毕。 注：由于scip-0.9和numpy-1.6均未安装到系统目录下，因此需要设置PYTHONPATH环境变量，确保python解释器能够正确加载scipy和numpy，具体做法如下： 在个人home目录的.bashrc里面添加如下语句： export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:path/site-packages GATK常用链接 http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Preparing_the_essential_GATK_input_files:_the_refe