"Linux 安装 LAMMPS 并行计算环境"
本文档提供了在 Linux 操作系统上安装 LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massive Parallel Simulator）并行计算环境的详细步骤。LAMMPS 是一种广泛应用于材料科学、化学、生物医学等领域的分子动力学模拟软件。
一、安装前的准备
在开始安装之前，需要准备以下硬件环境：
* 处理器：Intel XEON ×2
* 主板：Intel S5500BC
* 内存：金士顿 4G ×6
* 操作系统：Red Hat Enterprise 5.3 x86_64
二、下载所需的源文件
在开始安装之前，需要下载以下三个源文件：
* fftw-2.1.5.tar.gz：下载地址：http://www.fftw.org/download.html
* mpich2-1.0.2p1.tar.gz：下载地址：http://wilbur.mcs.anl.gov/pub/mpi/old/
* lammps-1Dec10.tar.gz：下载地址：http://lammps.sandia.gov/tars/
将这三个源文件下载到 `/usr/local/src` 目录下。
三、安装 FFTW
1. 解压缩 fftw-2.1.5.tar.gz：`tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz`
2. 进入 fftw-2.1.5 目录：`cd fftw-2.1.5`
3. 配置并安装 FFTW：`./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float && make && make install`
四、安装 MPICH2
1. 解压缩 mpich2-1.0.2p1.tar.gz：`tar xvzf mpich2-1.0.2p1.tar.gz`
2. 进入 mpich2-1.0.2p1 目录：`cd mpich2-1.0.2p1`
3. 配置并安装 MPICH2：`./configure --prefix=/opt/mpich2-gnu && make && make install`
五、安装 LAMMPS 附带 MEAM 包
1. 解压缩 lammps-1Dec10.tar.gz：`tar xvzf lammps-1Dec10.tar.gz`
2. 进入 lammps-1Dec10 目录：`cd lammps-1Dec10`
3. 安装 MEAM 包：`cd lib/meam/ && make -f Makefile.gfortran`
4. 编辑 Makefile.g++ 文件：`cd ../src/ && vim Makefile.g++`
在 Makefile.g++ 文件中，需要添加以下内容：
```
g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler
CC = g++
CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK \
-I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include \
-I/opt/mpich2-gnu/include \
-I../../lib/meam
DEPFLAGS = -M
LINK = g++
LINKFLAGS = -g -O -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib \
-L/opt/mpich2-gnu/lib \
-L../../lib/meam
LIB =
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# ---------------------------------------------------------------------
# LAMMPS-specific settings
```
六、配置 MPD
在安装完成后，需要进行 MPD 配置。MPD 是一个管理器，用于管理运行 MPI 程序。需要创建一个配置文件 `.mpd.conf`，用于存储运行 MPI 程序的用户 home 目录下。
命令：`cd $HOME && touch .mpd.conf && chmod 600 .mpd.conf`
七、总结
本文档提供了在 Linux 操作系统上安装 LAMMPS 并行计算环境的详细步骤。包括安装 FFTW、MPICH2 和 LAMMPS 附带 MEAM 包的步骤，并对 MPD 进行配置。该环境可以应用于材料科学、化学、生物医学等领域的分子动力学模拟研究。
VIP享7折，此内容立减4.47元 
