可在vc下运行的HMM源代码

//nrutil.cpp #include "StdAfx.h" #include <stdio.h> #include <stddef.h> #include <stdlib.h> //报告错误 void nrerror(char *error_text) { printf("Numerical Recipes run-time error...\n"); printf("%s\n",error_text); printf("...now exiting to system...\n"); exit(1); } /***************************************************************************** * 函数名称：vector * 功能：申请一个实数数组 * 参数：nl：数组的最低下标 * nh：数组的最高下标 * 返回：数组地址 */ float *vector(long nl,long nh) { float *v; v=(float *)calloc((unsigned) (nh-nl+1),sizeof(float)); if (!v) nrerror("allocation failure in vector()"); return v-nl; } /***************************************************************************** * 函数名称：ivector * 功能：申请一个整数数组 * 参数：nl：数组的最低下标 * nh：数组的最高下标 * 返回：数组地址 */ int *ivector(long nl,long nh) { int *v; v=(int *)calloc((unsigned) (nh-nl+1),sizeof(int)); if (!v) nrerror("allocation failure in ivector()"); return v-nl; } /***************************************************************************** * 函数名称：cvector * 功能：申请一个无符号字符数组 * 参数：nl：数组的最低下标 * nh：数组的最高下标 * 返回：数组地址 */ unsigned char *cvector(long nl,long nh) { unsigned char *v; v=(unsigned char *)calloc((unsigned) (nh-nl+1),sizeof(unsigned char)); if (!v) nrerror("allocation failure in cvector()"); return v-nl; } /***************************************************************************** * 函数名称：lvector * 功能：申请一个长整数型数组 * 参数：nl：数组的最低下标 * nh：数组的最高下标 * 返回：数组地址 */ unsigned long *lvector(long nl,long nh) { unsigned long *v; v=(unsigned long *)calloc((unsigned) (nh-nl+1),sizeof(unsigned long)); if (!v) nrerror("allocation failure in lvector()"); return v-nl; } /***************************************************************************** * 函数名称：dvector * 功能：申请一个双精度实数数组 * 参数：nl：数组的最低下标 * nh：数组的最高下标 * 返回：数组地址 */ double *dvector(long nl,long nh) { double *v; v=(double *)calloc((unsigned) (nh-nl+1),sizeof(double)); if (!v) nrerror("allocation failure in dvector()"); return v-nl; } /***************************************************************************** * 函数名称：matrix * 功能：申请一个实数二维数组（矩阵） * 参数：nrl：数组的行最低下标 * nrh：数组的行最高下标 * ncl：数组的列最低下标 * nch：数组的列最高下标 * 返回：数组地址 */ float **matrix(long nrl,long nrh,long ncl,long nch) { int i; float **m; m=(float **) calloc((unsigned) (nrh-nrl+1),sizeof(float*)); if (!m) nrerror("allocation failure 1 in matrix()"); m -= nrl; for(i=nrl;i<=nrh;i++) { m[i]=(float *) calloc((unsigned) (nch-ncl+1),sizeof(float)); if (!m[i]) nrerror("allocation failure 2 in matrix()"); m[i] -= ncl; } return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：dmatrix * 功能：申请一个双精度实数二维数组（矩阵） * 参数：nrl：数组的行最低下标 * nrh：数组的行最高下标 * ncl：数组的列最低下标 * nch：数组的列最高下标 * 返回：数组地址 */ double **dmatrix(long nrl,long nrh,long ncl,long nch) { int i; double **m; m=(double **) calloc((unsigned) (nrh-nrl+1),sizeof(double*)); if (!m) nrerror("allocation failure 1 in dmatrix()"); m -= nrl; for(i=nrl;i<=nrh;i++) { m[i]=(double *) calloc((unsigned) (nch-ncl+1),sizeof(double)); if (!m[i]) nrerror("allocation failure 2 in dmatrix()"); m[i] -= ncl; } return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：imatrix * 功能：申请一个整数二维数组（矩阵） * 参数：nrl：数组的行最低下标 * nrh：数组的行最高下标 * ncl：数组的列最低下标 * nch：数组的列最高下标 * 返回：数组地址 */ int **imatrix(long nrl,long nrh,long ncl,long nch) { int i,**m; m=(int **)calloc((unsigned) (nrh-nrl+1),sizeof(int*)); if (!m) nrerror("allocation failure 1 in imatrix()"); m -= nrl; for(i=nrl;i<=nrh;i++) { m[i]=(int *)calloc((unsigned) (nch-ncl+1),sizeof(int)); if (!m[i]) nrerror("allocation failure 2 in imatrix()"); m[i] -= ncl; } return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：cmatrix * 功能：申请一个无符号字符型二维数组（矩阵） * 参数：nrl：数组的行最低下标 * nrh：数组的行最高下标 * ncl：数组的列最低下标 * nch：数组的列最高下标 * 返回：数组地址 */ unsigned char **cmatrix(long nrl,long nrh,long ncl,long nch) { int i; unsigned char **m; m=(unsigned char **) calloc((unsigned) (nrh-nrl+1),sizeof(unsigned char*)); if (!m) nrerror("allocation failure 1 in dmatrix()"); m -= nrl; for(i=nrl;i<=nrh;i++) { m[i]=(unsigned char *) calloc((unsigned) (nch-ncl+1),sizeof(unsigned char)); if (!m[i]) nrerror("allocation failure 2 in dmatrix()"); m[i] -= ncl; } return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：submatrix * 功能：求一个二维矩阵的子矩阵 * 参数：a：二维矩阵的首地址 * oldrl：数组的行最低下标 * oldrh：数组的行最高下标 * oldcl：数组的列最低下标 * oldch：数组的列最高下标 * newrl：新数组的行最低下标 * newcl：新数组的列最低下标 * 返回：数组地址 */ float **submatrix(float **a,long oldrl,long oldrh,long oldcl,long oldch,long newrl,long newcl) { int i,j; float **m; m=(float **) calloc((unsigned) (oldrh-oldrl+1),sizeof(float*)); if (!m) nrerror("allocation failure in submatrix()"); m -= newrl; for(i=oldrl,j=newrl;i<=oldrh;i++,j++) m[j]=a[i]+oldcl-newcl; return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：convert_matrix * 功能：将一个实数一维数组转化为二维数组（矩阵） * 参数：a：原一维数组 * nrl：数组的行最低下标 * nrh：数组的行最高下标 * ncl：数组的列最低下标 * nch：数组的列最高下标 * 返回：二维数组地址 */ float **convert_matrix(float *a,long nrl,long nrh,long ncl,long nch) { int i,j,nrow,ncol; float **m; nrow=nrh-nrl+1; ncol=nch-ncl+1; m = (float **) calloc((unsigned) (nrow),sizeof(float*)); if (!m) nrerror("allocation failure in convert_matrix()"); m -= nrl; for(i=0,j=nrl;i<=nrow-1;i++,j++) m[j]=a+ncol*i-ncl; return m; } /***************************************************************************** * 函数名称：free_vector * 功能：释放一个实数一维数组 * 参数：nl：数组的行最低下标 * nh：数组的行最高下标 * 无返回值 */ void free_vector(float *v,long nl,long nh) { free((char*) (v+nl)); } /***************************************************************************** * 函数名称：free_dvector * 功能：释放一个整型一维数组 * 参数：nl：数组的行最低下标 * nh：数组的行最高下标 * 无返回值 */ void free_ivector(int *v,long nl,long nh) { free((char*) (v+nl)); } /***************************************************************************** * 函数名称：free_vector * 功能：释放一个无符号字符型一维数组 * 参数：nl：数组的行最低下标 * nh：数组的行最高下标 * 无返回值 */ void free_cvector(unsigned char *v,long nl,long nh) { free((char*) (v+nl)); } /***************************************************************************** * 函数名称：free_vector * 功能：释放一个长整型一维数组 * 参数：nl：数组的行最低下标 * nh：数组的行最高下标 * 无返回值 */ void free_lvector(unsigned long *v,long nl,long nh) { free((char*) (v+nl)); } /***************************************************************************** * 函数名称：free_vector * 功能：释放一个双精度一维数组 * 参数：nl：数组的行最低下标 * nh：数组的行最高下标 * 无返回值 */ void free_dvector