popgen_scripts

popgen_scripts 用于各种群体基因组学分析的脚本： fasta2popgen.pl 从对齐的 fasta 条目计算各种种群遗传指标。 测量包括 Fst、分层 Fst、按表型关联的基因型、杂合性、pi、分离位点、Tajima 的 D、D*、单例和 SNP 类型（私有与共享）。 输入是一个对齐的 fasta 文件和一个带有样本信息（种群、表型、样本标识符）的文本文件。 输出是每个位置的种群基因组指标。 需要 BioPerl、FormatGenos.pm（来自基因组重测序存储库）以及该存储库中的其他模块（PopGen.pm、PopStatsHierarchy.pm、PopStatsModified.pm）。 fst_stats.pl 使用折刀置信区间计算滑动窗口 Fst 和基线 Fst。 输入是每个位置 Fst 格式化为来自 fasta2popgen.pl 脚本的输出。 滑动_