ParaSim:分子相似性的并行计算-开源

大型化合物数据库的多样性评估和比较需要在可承受的时间内计算数百万种化合物的相似性。 ParaSim通过根据一台计算机上可用的计算内核数量并行化计算来解决这一挑战。 针对大量查询结构相对于大量引用结构的吞吐量进行了优化。 作为一项特殊功能，ParaSim允许在内存中存储和访问频繁查询的数据集作为持久性对象，从而缩短响应时间。 ParaSim基于二进制结构指纹来计算化学相似性。 它不会自行计算指纹，而是依靠第三方软件来计算。 基本上，可以存储在位数组（位集）中的所有类型的结构指纹都可以被ParaSim使用。 有关详细文档，请参见Wiki（https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/）。 反馈受到高度评价！