pcons-fold:使用PconsC和Rosetta进行蛋白质折叠的管道-源码

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PconsFold 使用来自PconsC的预测接触和Rosetta折叠协议进行蛋白质折叠的管道。 您可以在底部找到补充数据,例如蛋白质ID,序列,天然和预测的结构,预测的联系方式。 管道概述: 输入:包含一个蛋白质序列的fasta文件 准备PconsC的输入 使用PconsC进行联系预测 准备用于Rosetta折叠的输入 罗塞塔折叠 提取和放松具有最低Rosetta能量的结构 输出:预测的联系图(也作为图)和排名最靠前的结构模型(松弛和非松弛) 依存关系: MATLAB v8.1或更高版本 或 需要MATLAB才能运行plmDCA。 但是,如果无法使用MATLAB,则还可以使用plmDCA的编译版本。 要运行已编译的版本,您需要提供MCR的路径。 如何运行: 确保所有依赖项均正常运行,并调整localconfig.py的路径。 要运行完整的管道,请使用: ./pcons_f

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