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PLPPS管道
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2021-02-18
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PLPPS管道 建立患者水平的个性化预后签名的全面而严格的计算框架。 该存储库提供了论文“在高级别浆液性卵巢癌中由机械获得的患者水平的免疫预后签名”的代码。 1)机械衍生的预后基因的筛选 为了获得全面,准确和可解释的预后基因,进行了单变量Cox回归分析以评估每个数据集中每个基因的预后价值。 然后,进行荟萃分析以整合来自多个数据集的基因的HR值,并评估其对预后的总体影响。 我们使用Q检验评估异质性,并选择在P <0.05时进行随机效应模型,否则实施固定效应模型。 接下来,进行多次测试校正(Benjamini-Hochberg,BH),并使用调整后的P值阈值0.01来识别候选生存相关标记。 最后,为了获得全面,准确和可解释的预后生物标志物,使用R软件包“ clusterProfiler”对候选预后基因进行了功能富集分析。 保留了参与生物学过程明显丰富的候选预后基因,作为生物学上可行的预后基因
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PLPPS管道 (123个子文件)
protectGeneInfor.csv 50KB
riskGeneInfor.csv 42KB
README.md 2KB
PLPPS_pipeline.png 203KB
think1.R 197KB
evaluation and valition about survival's HR and C-index in 15 datasets.R 44KB
AllClasses.R 33KB
all modells battle.R 23KB
prediction.r 18KB
tune.R 18KB
predict-methods.R 14KB
learnSurvival.R 11KB
timeROC.R 11KB
generateLearningsets.R 10KB
roc_plpps_other models.R 10KB
plusMinusSurv.R 9KB
68gene_coxModel.R 9KB
other models' score and meta-statics.R 9KB
evaluate-methods.R 9KB
evaluation and valition about survival's ROC in 15 datasets.R 8KB
plot-methods.R 7KB
plotKM.R 7KB
sstselfEval.R 7KB
compute_iid_decomposition_survival.R 6KB
signatureScore.R 6KB
coxBoostSurv.R 6KB
frequency.r 6KB
measures.r 5KB
chemotherapy.R 5KB
1. get genes related to survive.R 5KB
compare-methods.R 5KB
computeZ.R 4KB
double-weighted_ssGSEA.R 4KB
customSurv.R 4KB
geneSelection.R 4KB
plusminuscore.R 4KB
filter.R 4KB
bubble-related code.R 4KB
sstselfEvalUM.R 3KB
Compute_iid_KM.R 3KB
sstselfEvalUMContinue.R 3KB
PErrC.R 3KB
coxAnalysis.R 3KB
3. get genes related to PLPPS.R 3KB
Bubble.R 3KB
CvPLogL.R 3KB
selfEval.R 2KB
enrichaaa.R 2KB
presetting of evaltion and validation.R 2KB
UnoC.R 2KB
plotKMStratifyBy.R 2KB
similarity.r 2KB
getBestParameters.R 2KB
getSurvivalMatrix.R 2KB
getSurvivalMatrix1.R 2KB
MulticoxForestData.R 2KB
unicoxForestData.R 2KB
ROC_CI_global.R 2KB
HGClinicalStatus.R 2KB
compute PLPPS in all datasets.R 1KB
stage_grade_age.R 1KB
updation of other models' genes.R 1KB
globalEval.R 1KB
compute_iid_decomposition.R 1KB
combineCoxResult.R 1KB
HarrellC.R 1KB
plotSurvivalCurve.R 1KB
getGlobalScore.R 1KB
gbmbasehaz.R 1KB
show-methods.R 1KB
meta_summary.R 1KB
getRisk.R 1KB
weightSum.r 1KB
construct PLPPS.R 935B
protect.R 891B
geneFre.R 889B
ssgseaScore.R 888B
Bubble_row_colName.R 838B
risk.R 831B
overlap.r 779B
signatureSimility.R 697B
impute.r 665B
ROC_CI.R 661B
AllGenerics.R 638B
2. get all genes' meta statistics.R 632B
bubblePlot.R 599B
internals.R 594B
ROC3_5_CI.R 532B
ROC3_5.R 531B
createTable.R 524B
Digits4.R 516B
pvalue.r 505B
group.R 503B
getGlobalExp.R 415B
z_test.R 372B
chemoLabel.R 303B
groupQ.R 282B
getHeatmapExp.R 250B
fisher.meta.r 224B
lower2symmetric.R 223B
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橘子乔JVZI
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