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metDataModel:代谢组学的数据模型,方位角DB的实用程序
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2021-02-08
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metDataModel,基于质谱的代谢组学的数据模型 我们的目标是定义最小的数据模型集,以促进计算代谢组学的互操作性。 该软件包将列出基本概念和数据结构,然后我们可以将它们导入其他项目,并通过继承扩展到更专业的类。 在相关领域中已经进行了广泛的软件开发。 XCMS生态系统( )是数据预处理的主要示例。 Escher项目( )演示了新陈代谢的建模。 科学的发展依赖于实验测量和理论建模的紧密相互作用,两者应该相互促进。 但是,两者之间在代谢组学上存在明显的差距。 例如,Escher中的元素质量表(在1.7.3版中进行了检索)具有平均质量,但质谱仪可测量同位素质量。 许多软件程序已经具有出色的数据模型和数据结构。 但是,从基础知识开始更容易重用数据模型,因此,这个项目可以选择复杂性。 核心数据结构 metabolic model compound reaction
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metDataModel-master.zip (16个子文件)
metDataModel-master
docs
DataModel-illustration-20201019-SL.pptx 38KB
JSON_metabolicModels.py 8.85MB
datastru.png 141KB
README.md 453B
requirements_dev.txt 134B
tests
__init__.py 50B
tox.ini 301B
LICENSE 1KB
setup.py 1KB
README.md 4KB
metDataModel
core.py 10KB
json
core.json 2KB
yaml
core.yaml 0B
util.py 4KB
__init__.py 138B
derived.py 14KB
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