没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
isomiR_biogenesis
共91个文件
tsv:65个
py:9个
png:8个
需积分: 5 0 下载量 76 浏览量
2021-03-15
04:42:44
上传
评论
收藏 78.75MB ZIP 举报
温馨提示
isoomiR_biogenesis 环境 要运行该代码,应在您的计算机上安装以下软件包:NumPy,Pandas,skikit-learn,SciPy。 如何准备miRBase和TCGA数据 运行以下命令:cd脚本/准备python3 parse_miRBase.py python3 extract_canonical_isomiRNA.py python3 agregate_fraction_table_by_TCGA.py
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
isomiR_biogenesis-main.zip (91个子文件)
isomiR_biogenesis-main
scripts
analysis
subseq
get_valuable_kmers.py 2KB
get_valuable_subseq.py 2KB
run_all_kmers.bash 236B
run_all_subseq.bash 240B
shifts
main_isomiRs_TCGA_stability.py 2KB
get_shift_unstable_isomiRs.py 1KB
run_all.bash 209B
fractions
main_isomiRs_TCGA_stability.py 1KB
run_all.bash 209B
data_preparation
extract_local_cleavage_nucleotides.py 9KB
merge_main_isomiRs_across_TCGA.py 2KB
prepare_miRBase.py 861B
identify_main_isomiRs.py 4KB
plots
main_isomiRs
shifts
5term_5p.png 81KB
5term_3p.png 86KB
3term_3p.png 86KB
3term_5p.png 82KB
fractions
5term_5p.png 107KB
5term_3p.png 113KB
3term_3p.png 117KB
3term_5p.png 114KB
LICENSE 1KB
processed_data
miRBase
miRBase.pkl 6.84MB
TCGA
main_consensus_isomiRs.tsv 5KB
local_cleavage_nucleotides
5term_5p_gap_2.tsv 5KB
5term_5p_ungap_2.tsv 5KB
5term_5p_gap_3.tsv 5KB
3term_3p_gap_2.tsv 5KB
5term_3p_ungap_2.tsv 5KB
5term_5p_gap_4.tsv 5KB
3term_3p_ungap_3.tsv 5KB
5term_5p_ungap_3.tsv 5KB
3term_3p_ungap_4.tsv 5KB
5term_3p_gap_2.tsv 5KB
5term_5p_ungap_1.tsv 4KB
5term_3p_gap_3.tsv 5KB
5term_3p_gap_1.tsv 4KB
3term_3p_ungap_2.tsv 5KB
5term_3p_ungap_1.tsv 4KB
3term_3p_gap_4.tsv 5KB
3term_5p_gap_1.tsv 4KB
3term_5p_gap_4.tsv 5KB
3term_5p_ungap_4.tsv 5KB
5term_3p_ungap_4.tsv 5KB
5term_5p_gap_1.tsv 4KB
5term_3p_ungap_3.tsv 5KB
3term_5p_ungap_3.tsv 5KB
3term_3p_gap_3.tsv 5KB
3term_5p_gap_2.tsv 5KB
5term_5p_ungap_4.tsv 5KB
5term_3p_gap_4.tsv 5KB
3term_5p_gap_3.tsv 5KB
3term_3p_gap_1.tsv 4KB
3term_5p_ungap_2.tsv 5KB
3term_3p_ungap_1.tsv 4KB
3term_5p_ungap_1.tsv 4KB
main_isomiRs.tsv 240KB
README.md 356B
.gitignore 2KB
raw_data
miRBase
miRNA.str 9.18MB
TCGA
isomiR_TCGA-SKCM.tsv 1.57MB
isomiR_TCGA-LGG.tsv 8.75MB
isomiR_TCGA-KIRC.tsv 6.89MB
isomiR_TCGA-KIRP.tsv 4.53MB
isomiR_TCGA-LIHC.tsv 6.01MB
isomiR_TCGA-UCS.tsv 1.02MB
isomiR_TCGA-BRCA.tsv 15.41MB
isomiR_TCGA-CHOL.tsv 603KB
isomiR_TCGA-PRAD.tsv 7.2MB
isomiR_TCGA-SARC.tsv 3.19MB
isomiR_TCGA-STAD.tsv 6.47MB
isomiR_TCGA-UCEC.tsv 9.99MB
isomiR_TCGA-CESC.tsv 5.3MB
isomiR_TCGA-HNSC.tsv 9MB
isomiR_TCGA-PAAD.tsv 3.15MB
isomiR_TCGA-LUSC.tsv 8.11MB
isomiR_TCGA-MESO.tsv 1.45MB
isomiR_TCGA-THYM.tsv 2.74MB
isomiR_TCGA-OV.tsv 7.48MB
isomiR_TCGA-TGCT.tsv 3.22MB
isomiR_TCGA-READ.tsv 2.64MB
isomiR_TCGA-UVM.tsv 1.36MB
isomiR_TCGA-LUAD.tsv 9.1MB
isomiR_TCGA-ESCA.tsv 2.73MB
isomiR_TCGA-DLBC.tsv 714KB
isomiR_TCGA-ACC.tsv 1.29MB
isomiR_TCGA-THCA.tsv 10.75MB
isomiR_TCGA-BLCA.tsv 6.64MB
isomiR_TCGA-PCPG.tsv 3.73MB
isomiR_TCGA-COAD.tsv 6.87MB
isomiR_TCGA-KICH.tsv 1.22MB
共 91 条
- 1
资源评论
太远有一点点
- 粉丝: 34
- 资源: 4740
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
- date0425111111111111111111111
- 包含贪心算法的定义及python代码部分实现
- 自动驾驶-状态估计和定位之扩展卡尔曼滤波.pdf
- csdn之x-ca-key,x-ca-nonce,x-ca-signature与x-ca-signature-headers探索
- 基于TM1620数码显示芯片STM32单片机驱动程序软件源代码.zip
- 【tomcat6使用redis配置session共享】
- 包含杨辉三角的说明及java代码实现
- FDN371N-NL-VB一款SOT23封装N-Channel场效应MOS管
- AutomotiveSPICE-V4.0 中文版
- Java实现杨辉三角的生成和打印代码示例.md
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功