KMC-KaiC:体外Kai昼夜节律时钟的动力学Monte Carlo模拟-开源

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该代码是专用的动力学蒙特卡洛(KMC)算法,可模拟翻译后Kai昼夜节律时钟的模型。 该代码使您可以在单个KaiC六聚体和单体水平上模拟Kai系统,并明确跟踪每个ATP核苷酸的周转率。 除ATP水解外,所有React均需达到详细的平衡。 我们题为“翻译后的Kai昼夜节律钟的热力学一致模型”的文章中描述了代码的应用,该文章可在开放获取期刊PLOS Computational Biology上免费获得:https://doi.org/10.1371/journal .pcbi.1005415 *更新*我们制作了模型的完全可逆版本,包括ATP水解的逆React。 这使得可以在热力学平衡下运行模型。 可以在KMC_KaiC_Rev.zip下下载该模型的版本。 如果您希望将我们的模型用于您自己的研究,请引用我们的《 PLoS计算生物学》论文。

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