掌握
开发
用于GUDMAP / RBK的RNA-Seq分析管线
介绍
创建此管道是将其与GUDMAP和RBK联盟data-hub集成为标准的mRNA测序分析管道。 它旨在在UT西南医学中心的HPC集群( )上运行(结合标准nextflow配置文件:config biohpc.config )
验证:
必须使用对使用的财团服务器进行身份,并保持身份验证,直到管道运行结束。 过早关闭客户端将导致令牌失效,并可能导致管道故障。 长期使用的“ globus”令牌已在将来的路线图上。
跑步:
可用参数:
--deriva 活动的credential.json文件
--bdbag来自有效cookies.txt文件
--repRID mRNA-seq复制RID
--source联盟服务器源
dev = (默认值,不包含所有数据)
staging = (不包含所有数据)
生产= (确
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