scATACseq-analysis-notes:我的scATACseq分析笔记

scATAC-seq-分析说明 我的scATACseq分析笔记 读纸 Jean，Kamil和Fan的。 综述 科学家需要越来越特殊的方法来将工具的表达限制在限定的神经元亚群中。 @AllenInstitute的这项惊人研究使用scATAC-seq和scRNA-seq来发现比驱动系更特异的增强子。 ATAC序列质量控制 协议 片段长度分布 博客文章 成功构建ATAC文库需要在DNA末端进行一对正确的Tn5转座酶切割事件。 在无核小体的开放染色质区域中，许多Tn5分子可以插入并将DNA切成小块。 在核小体占据的区域周围，Tn5只能进入接头区域。 因此，在正常的ATAC-seq文库中，您应该期望在<100 bp的区域（开放的染色质）看到一个尖锐的峰，在〜200bp的区域（单核小体）看到一个尖峰，而其他较大的峰（多核小体） ） 对齐器如何处理片段时可能存在一些伪像，其中正向读取和反向读取是彼