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膜:膜使用python表达式过滤VCF记录
共84个文件
vcf:38个
yaml:21个
py:12个
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2021-02-23
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膜:使用python表达式进行变体过滤 膜允许基于任何INFO字段, CHROM , POS , REF , ALT , QUAL和注释字段ANN同时过滤变体。 基于ANN进行过滤时,将首先过滤注释条目。 如果没有注释条目,则删除整个变体。 vembrane filter 过滤表达式 过滤器表达式可以是任何有效的python表达式,其计算结果为bool 。 但是,可用的功能和符号已限于以下各项: all , any abs , len , max , min , round , sum enumerate , filter , iter , map , next , range , reversed , sorted , zip dict , list , set , tuple bool , chr , float , int , ord , str 任何函数或符号 通过正则
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vembrane-main.zip (84个子文件)
vembrane-main
Types.md 10KB
pyproject.toml 895B
.github
workflows
pypi.yml 291B
main.yml 1012B
release_drafter.yml 561B
release-drafter-template.yml 518B
tests
__init__.py 0B
testcases
test06
config.yaml 89B
test.vcf 15KB
expected.vcf 9KB
test03
config.yaml 134B
test.vcf 15KB
expected.vcf 13KB
test09
config.yaml 61B
test.vcf 21KB
expected.vcf 18KB
test04
config.yaml 151B
test.vcf 15KB
expected.vcf 13KB
test18
config.yaml 49B
test.vcf 3KB
expected.vcf 3KB
test02
config.yaml 64B
test.vcf 15KB
expected.vcf 10KB
test15
config.yaml 174B
test.vcf 591B
expected.vcf 591B
test01
config.yaml 99B
test.vcf 15KB
expected.vcf 10KB
test07
config.yaml 89B
test.vcf 15KB
expected.vcf 9KB
test12
config.yaml 44B
test.vcf 15KB
expected.tsv 115B
test16
config.yaml 69B
test.vcf 15KB
expected.tsv 1KB
test14
config.yaml 171B
test.vcf 411B
expected.vcf 411B
test08
config.yaml 83B
test.vcf 15KB
expected.vcf 9KB
test10
config.yaml 112B
test.vcf 15KB
expected.vcf 10KB
test19
config.yaml 79B
test.vcf 3KB
expected.vcf 3KB
test13
config.yaml 46B
test.vcf 143KB
expected.vcf 31KB
test05
config.yaml 151B
test.vcf 15KB
expected.vcf 10KB
test11
config.yaml 60B
test.vcf 388B
expected.vcf 388B
test20
config.yaml 174B
test.vcf 3KB
expected.vcf 3KB
test17
config.yaml 157B
test.vcf 15KB
expected.vcf 10KB
genes.txt 5B
test_vembrane.py 4KB
LICENSE 1KB
.gitignore 2KB
vembrane
common.py 1KB
globals.py 4KB
ann_types.py 22KB
cli.py 658B
errors.py 3KB
representations.py 10KB
__init__.py 325B
modules
table.py 4KB
__init__.py 0B
filter.py 9KB
README.md 6KB
.flake8 269B
.pre-commit-config.yaml 780B
共 84 条
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ZackRen
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