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RNASeq分析工具包
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2021-02-13
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RNASeq-analysis-toolkit测试版 该存储库包含(希望)一个易于使用的工具来分析RNASeq数据。 依存关系 bowtie2 HTSeq R包 DESeq2 皮尔 dplyr 分割形状 ggplot2 RColorBrewer 增强火山 该工具假定所有预处理步骤均已执行。 这包括: 质量控制 可以使用诸如fastqc 工具评估序列质量 此后,可以使用例如trimmomatic 或cutadapt 评估搁浅 我以前使用过的脚本可以在这里找到: ://rseqc.sourceforge.net/#infer-experiment-py 使用诸如领结构建类的工具构建了基因组索引 基因组注释文件(GFF)可用。 可以从NCBI获得这些文件,也可以使用rast生成GFF文件。 已经获得了所关注物种的Kegg ko编号。 可以使用BlastKOAL
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RNASeq-analysis-toolkit-master.zip (8个子文件)
RNASeq-analysis-toolkit-master
README.md 4KB
paired_end_2_vs_4_reps.sh 3KB
paired_end_triplicate.sh 3KB
standaloneR.sh 231B
deseq_tablesandkegg.R 8KB
paired_end_duplicate_analysis.sh 2KB
paired_end_2_vs_3_reps.sh 3KB
may2020_kegg.csv 6.15MB
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CodeWizardess
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