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alstructure:一个R包,该包实现了ALStructure算法,用于估计遗传种群结构的混合模型
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2021-05-17
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结构 一个R包,该包实现了ALStructure算法,用于估计遗传种群结构的混合模型 相应的手稿: Irineo Cabreros和John D. Storey。 人口结构统一混合模型和主成分分析的非参数估计量。 bioRxiv , //www.biorxiv.org/content/early/2017/12/29/240812 。 要在R中安装,请执行以下操作: library("devtools") install_github("storeylab/alstructure", build_vignettes=TRUE) 首先,请阅读插图: library("alstructure") vignette("ALStructure_workflow", package="alstructure")
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alstructure-master.zip (53个子文件)
alstructure-master
ALStructure.Rproj 355B
vignettes
ALStructure_workflow.Rmd 11KB
refs.bib 4KB
NAMESPACE 179B
DESCRIPTION 560B
inst
.DS_Store 10KB
extdata
example.bed 244KB
example.fam 2KB
example.bim 352KB
R
main.R 5KB
estimate.R 7KB
sysdata.rda 3.93MB
simulate.R 4KB
visualize.html 698KB
factor.R 11KB
compare.R 7KB
visualize.R 5KB
measure.R 3KB
.Rbuildignore 28B
LICENSE 1KB
README.md 619B
man.pdf 178KB
man
estimate_d.Rd 751B
mean_ABS.Rd 1017B
RMSE.Rd 1KB
compare_q.Rd 2KB
simulate_admixture.Rd 2KB
order_pops.Rd 2KB
impute_mean.Rd 466B
BN.Rd 1KB
make_bed.Rd 1KB
binomial_likelihood.Rd 829B
best_perm.Rd 1KB
D_binomial.Rd 869B
cALS.Rd 3KB
factor_F.Rd 2KB
estimate_f.Rd 2KB
alstructure_summary.Rd 679B
rdirichlet.Rd 270B
multiplot.Rd 571B
ALStructure.Rd 4KB
projsplx.Rd 873B
lse.Rd 2KB
tests
testthat
Rplots.pdf 8KB
test_visualization.R 791B
test_measure.R 806B
test_main.R 1KB
test_simulate.R 434B
test_estimate.R 3KB
test_compare.R 2KB
test_factor.R 1KB
testthat.R 66B
.gitignore 539B
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苏咔咔
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