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2021-02-12
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ElFragmentador ElFragmentador 该存储库尝试实现一种神经网络,该网络利用转换器的结构来预测肽的性质(保留时间和片段化)。 为什么是变压器? 因为我们可以...只是在开玩笑 与标准的片段预测方法(LSTM / RNN)相比,该转换器体系结构具有许多优点。 在训练方面,它允许并行计算整个序列,而在LSTM中,一次必须传递一个元素。 此外,它为模型本身提供了更好的机会来研究正在传递的元素之间的直接交互。 另一方面,它可以更好地解释模型,因为可以在输入上可视化“自我注意”,从而在生成预测时查看模型关注的重点。 这个项目的启示 该项目中的许多元素实际上是和显示的原理的结合,其中一些元素用于编码肽和输出碎片离子。 在变压器方面,我必须承认该项目的许多要素都来自,尤其是将可训练的嵌入作为解码器的输入,以及在上讨论的一些概念。 (我强烈推荐)。 为什么叫名字? 主要原
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elfragmentador-main.zip (48个子文件)
elfragmentador-main
data_setup
get_data.py 86KB
encode_spectra.py 569B
comb_tables.R 6KB
combine_tables.R 5KB
train.py 77B
elfragmentador
rt.py 1KB
train.py 4KB
annotate.py 10KB
scoring.py 5KB
model.py 24KB
isoforms.py 1KB
experiment.py 220B
__init__.py 199B
datamodules.py 9KB
spectra.py 22KB
cli.py 4KB
evaluate.py 5KB
encoding_decoding.py 4KB
constants.py 9KB
README.md 4KB
tests
test_cli.py 717B
test_dataloaders.py 2KB
test_evaluate.py 519B
test_isoforms.py 1KB
test_encoding_decoding.py 1KB
test_model.py 4KB
test_annotate.py 933B
test_constants.py 208B
test_spectra.py 6KB
test_dataloader_model_integration.py 717B
test_scoring.py 5KB
data
combined_train.csv 10KB
sample.sptxt 2KB
small_proteome_spectrast.sptxt 33KB
combined_holdout.csv 9KB
single_spectrum.txt 8KB
only_matches_small_proteome_spectrast.sptxt 33KB
onlymatches_single_spectrum.txt 1KB
small_phospho_spectrast.sptxt 14KB
encoded_spectra.csv 7KB
combined_val.csv 10KB
combined_pl_TUM_proteo_TMT_3_skyline.rt.csv 48KB
test_rt.py 238B
test_training.py 2KB
evaluate.py 902B
templates
template_evaluation.ipynb 23KB
.gitignore 117B
pyproject.toml 2KB
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简内特
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