umicount:umicount是Python脚本的集合，该脚本允许从使用唯一分子标识符制备的配对末端文库中删除和计数PCR重...

＃介绍 umicount是Python脚本的集合，该脚本可从具有唯一分子标识符（UMI）的成对末端文库中删除和计数PCR重复项。 现有方法（rmdup或MarkDuplicates）之间的主要区别在于，它使用UMI和Transcription Start Site信息删除重复项，而不是读取大小。 它主要是为单细胞CAGE和单细胞nanoCAGE协议开发的，其中在两个PCR之间执行标记步骤（请参见下面的示例）。 请注意，umicount设计用于处理较大的测序数据，只需要少量的内存。 到目前为止，它已在MiSeq和HiSeq数据上进行了测试，没有任何问题。 有关umicount的更多信息，您可以在查看文档。