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URD:URD-重建分支发展轨迹
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URD URD是一种R包,用于使用单细胞RNA测序数据来重建分支树形式的规范或分化过程基础的转录轨迹。 它以培育世界树并决定所有命运的名字命名。 URD在以下内容中进行了描述: Farrell JA和Wang Y(等额供款),Riesenfeld SJ,Shekhar K,Regev A和Schier AF(等额供款)。 科学2018年4月26日。doi:10.1126 / science.aar3131 安装 要安装,请按照的说明进行操作 范例程式码 要开始使用,请查看快速入门教程:()() Farrell&Wang等人的完整补充分析。 描述发展轨迹的重建斑马鱼胚胎发生期间(3.3-12小时后,受精)也是。 Siebert,Farrell等人的完整补充分析。 描述发展轨迹成年九头蛇也是重建。 Siebert,Farrell等人绘制处理数据的教程。 (请参见下面的下载)可 处理
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URD:URD-重建分支发展轨迹 (261个子文件)
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count.axial.txt.gz 5.13MB
meta.axial.txt.gz 61KB
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impulse.R 27KB
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gene-smooth.R 26KB
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flood.R 20KB
gene-cascade.R 20KB
NMFDoublets.R 19KB
tree.R 16KB
dropseq-dge.R 14KB
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plot-genes.R 12KB
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cluster.R 10KB
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branchpointPlot.R 9KB
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plotTree.Rd 3KB
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