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GeneDMRs:GeneDMRs是一种R软件包,用于检测基于基因,基因体,CpG岛以及与CpG岛特征相互作用的基因体的差异甲基...
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基因DMR 基于基因的差异甲基化区域分析 入门 描述 GeneDMRs是一个R软件包,用于检测基于基因(DMG),基因体(DMP,DME,DMI),CpG岛和与CpG岛特征(例如DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛和DMG / DMP / DME / DMI_CpG岛岸)。 依存关系 使用注释数据集进行丰富,例如鼠标的“ org.Mm.eg.db” if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("devtools", "clusterProfiler", "corrplot", "dplyr", "ffbase", "genomation", "KEGG.db",
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GeneDMRs-master.zip (73个子文件)
GeneDMRs-master
GeneDMRs.Rproj 328B
man
Venn_plot.Rd 1013B
Methfile_read.Rd 2KB
Heatmap_plot.Rd 2KB
Meth_difference.Rd 902B
Methmean_site.Rd 995B
Bedfile_read.Rd 3KB
Meth_mean.Rd 2KB
Group_cpgfeature_boxplot.Rd 2KB
Methmean_region.Rd 6KB
Group_boxplot.Rd 1KB
Feature_pieplot.Rd 2KB
Volcano_plot.Rd 2KB
Enrich_plot.Rd 3KB
refseqfile_check.Rd 869B
Logic_regression.Rd 2KB
Chromosome_pieplot.Rd 2KB
Window_divide.Rd 702B
Significant_filter.Rd 2KB
DMC_methfile_QC.Rd 786B
Correlation_plot.Rd 934B
chromosmoe_sort.Rd 559B
Manhattan_plot.Rd 1KB
GeneDMRs.Rd 882B
Boxplot_trans.Rd 506B
Genebody_cpgfeature_boxplot.Rd 2KB
Circos_plot.Rd 3KB
Pvalue_adjusted.Rd 1KB
DMC_feature.Rd 2KB
Sample_boxplot.Rd 2KB
Quick_GeneDMRs.Rd 2KB
Methfile_QC.Rd 2KB
Cpgfeature_boxplot.Rd 2KB
Cytofile_read.Rd 1KB
Regionfile_read.Rd 690B
Quick_DMCs.Rd 789B
NAMESPACE 1KB
methdata
1_3.gz 7.97MB
siteall_Qvalue.Rdata 16.76MB
genefeatureall_cpgfeature_Qvalue.Rdata 2.19MB
refseq.bed.txt 6.29MB
1_2.gz 7.92MB
regiongeneall_Qvalue.Rdata 1.07MB
2_1.gz 6.6MB
1_1.gz 7.27MB
regiongeneall_cpgfeature_Qvalue.Rdata 1022KB
regiongenebodyall_Qvalue.Rdata 3.12MB
cytoBandIdeo.txt.gz 4KB
2_2.gz 7.75MB
cpgi.bed.txt 502KB
regiongenebodyall_cpgfeature_Qvalue.Rdata 2.19MB
siteall_significant_feature.Rdata 378KB
DEgenes.txt 6KB
LICENSE 7KB
GeneDMRs.pdf 336KB
vignettes
GeneDMRs.Rmd 3KB
.gitignore 581B
R
Box_plot.R 18KB
Venn_plot.R 2KB
Quick_start.R 6KB
File_read.R 26KB
Circos_plot.R 6KB
Heatmap_plot.R 4KB
Window_divide.R 2KB
Correlation_plot.R 3KB
DMR_test.R 20KB
Methfile_QC.R 7KB
Manhattan_plot.R 8KB
Methmean_match.R 20KB
Enrich_plot.R 8KB
Pie_plot.R 15KB
DESCRIPTION 630B
README.md 3KB
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