nCoV摄取管道
用于Nextstrain团队摄取和管理SARS-CoV-2基因组序列的内部工具。 这是开源的，但是我们不打算支持外部团体使用它。
在本地运行
如果您使用的是Pipenv（请参见下文），请从./bin/…在pipenv shell运行命令，或将其包裹在pipenv run ./bin/… 。
运行./bin/fetch-from-gisaid > data/gisaid.ndjson
运行./bin/transform-gisaid data/gisaid.ndjson
查看data/gisaid/sequences.fasta和data/gisaid/metadata.tsv
自动运行
接收管道是从GitHub工作流.github/workflows/ingest-master-*.yml和…/ingest-branch-*.yml触发的，但可通过nextstrai
