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Chandrasekaran实验室的基于约束的优化算法 该存储库包含可用于集成多个组学数据并分析基于约束的代谢重建的代码。 依存关系 此存储库中的许多功能都需要或库来执行特定的建模任务。 此外,对于优化问题,还需要。 贡献 欢迎捐款! 请阅读贡献指南以开始使用。 也可以随时提交错误,功能请求和请求请求。
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metabolicmodeling-master.zip (76个子文件)
metabolicmodeling-master
Python
.ipynb_checkpoints
Untitled-checkpoint.ipynb 72B
CFR-checkpoint.py 2KB
CFR_tests-checkpoint.ipynb 2KB
CFR-checkpoint.ipynb 2KB
QP_example-checkpoint.ipynb 9KB
QP_example.ipynb 9KB
QP_example.html 353KB
CFR.py 2KB
knockOut.py 2KB
reconstruction.py 1KB
Untitled.ipynb 72B
.Rhistory 0B
CFR.ipynb 2KB
metabolicModeling.py 26KB
gpr.csv 33KB
CFR_tests.ipynb 2KB
.idea
misc.xml 174B
workspace.xml 137B
metabolicmodeling.iml 284B
inspectionProfiles
profiles_settings.xml 174B
modules.xml 286B
rSettings.xml 174B
LICENSE 34KB
README.md 693B
MATLAB
Tests
findDeadEnds.m 235B
testCFR.mlx 5KB
fixCbModel.m 467B
testDuplicateReactions.m 674B
testEXLeaks.m 810B
testOptimization.m 327B
run_all_tests.m 780B
test_media.m 2KB
testDMRxnLB.m 499B
testDMLeaks.m 980B
testRxnGeneMat.m 454B
testRxnGeneMatrix.mlx 4KB
getAllExchangeRxns.m 468B
Constrainers
compute_gamma.mlx 8KB
CFR2.mlx 5KB
constrain_flux_regulation.m 5KB
addMediumConstraints.m 4KB
CFR.m 9KB
addMediumConstraints.mlx 5KB
test_CFR
test_initHyperparams.mlx 6KB
knockOut.mlx 5KB
CFR.mlx 7KB
perturbMedium.mlx 5KB
runCFRTestSuite.mlx 3KB
constrainMetabolicModel.mlx 5KB
eflux.mlx 4KB
CFR2.m 5KB
PRIME
findMaxBound.m 772B
findRange.m 2KB
SplitRevRxns.m 1KB
identifyGrowthAssociatedRxns.m 2KB
PRIME.m 3KB
splitRevRxns.mlx 4KB
IDGrateRxns.mlx 4KB
FDR.mlx 3KB
ReactionActivity
ReactionActivityScores.mlx 4KB
zscoreMap.mlx 4KB
twoSampleDRSA.mlx 4KB
Reconstruction
diagnoseMetabolicModel.mlx 16KB
make_eGEM.m 2KB
MapMetabolicModels.mlx 21KB
fixAcetylationModel.m 810B
addeGEMReactions.mlx 5KB
mapHumanModel.mlx 9KB
misc
addBiomassRxn.m 1KB
matchModelGenes.mlx 3KB
rxn2genes.mlx 5KB
extractSigIdentifiers.mlx 6KB
getEntrezFromRxn.mlx 3KB
mapper.mlx 3KB
_config.yml 26B
.whitesource 138B
共 76 条
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