beastlier:BEAST系统发育树和传播树的共同估计

怪兽（用于流行病学重建的BEAST链接推论） 该存储库包含与本文所述的中的传输树重建方法配合使用的软件： M厅，Woolhouse M厅，Rambaut A（2015）系统发育框架中的流行病重建：传输树作为节点集的分区。 PLoS Comput Biol 11（12）：e1004613。 doi： 该存储库用于一个完整的软件包，该软件包目前正在开发中。 此外，它包含两个Python脚本： 一个脚本（ModifyXML.py），该脚本从BEAUTi（版本1.8.4或更高版本）获取BEAST 1 XML输出，并将其转换以进行传输树重构。 如果安装了则将使用 ，建议使用 ，因为它会产生更好的输出，但无需使用它。 实现了命令行帮助（使用-h参数运行脚本）。 第二个脚本（MPCTree.py）用于根据ModifyXML.py使BEAST生成的额外.net.txt文件（记录传输树）来计算最