MPH:MINQUE用于分区遗传
MPH旨在将SNP遗传力与相关样品的基因型或大跨度LD分开。 对于此类数据,LDSC,HE或MQS效果不佳。
MPH在准确性方面可与GREML相媲美,但速度更快。
它可以处理类似DYD的数据。
它适用于许多重叠的功能注释。
软件下载
示例:QTL-MAS 2012数据
有关如何模拟数据集,请参阅 。
有关数据格式,请参阅 。
MPH更喜欢Plink bim / fam / bed文件作为基因型。 其他输入文件大多是CSV。
SNP信息文件
该CSV文件对于构建基因组关系矩阵(GRM)至关重要。 每列对应一个GRM。 在示例数据中,有五个列代表五个染色体。
如果SNP不属于GRM,则将相应的单元格留空。 如果SNP属于n个GRM,则在n个单元格中放置1 / n 。 任何SNP的行总和应等于1。
要通过功能注释对SNP遗传性进行划分,请创建一个S