细节增强的matlab代码ASTHERISC(在化学计量单物种群落模型中热力学优势的算法搜索)
一般说明
该存储库包含ASTHERISC软件包,这是ASTHERISC算法的基于MATLAB的软件包实现。
ASTHERISC的目标是在相同物种的多个菌株相互作用的情况下,比在单个菌株必须单独产生的情况下,找到具有更高最佳最小驱动力的目标代谢物。
ASTHERISC在其出版物(提交中)中有更详细的说明。
可以找到该程序包的姊妹程序CommModelPy,该程序以广泛自动化的方式创建社区模型。
安装
为了运行ASTHERISC程序包,您需要满足以下先决条件:
版本>
=
2018a中的MATLAB
版本>
=
2019.1的MATLAB软件包CellNetAnalyzer可用
版本>
=
12.8的CPLEX求解器
作为兼容的先决条件版本的参考,ASTHERISC已成功通过以下配置进行了测试(尽管ASTHERISC也可以与其他版本和版本组合配合使用,但尚未经过测试):
MATLAB
2018a和CellNetAnalyzer
2019.2和CPLEX
12.8
MATLAB
2018a和Cel
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