hmm模型matlab代码-vi-HMM:vi-HMM

hmm模型matlab代码vi-HMM 概述 我们的方法是用MATLAB编码的。 这是一种通过隐马尔可夫模型（HMM）查找SNP和Indel的新方法。 该模型将读取的比对（具有Phred + 33编码质量得分的SAM文件）和参考基因组（FASTA文件）作为输入，以确定参考中每个位置最可能的突变状态。 它基于TXT格式的状态信息报告变体。 我们还提供了将TXT格式转换为变体调用文件（VCF）格式的代码。 获取与使用 解压缩包。 将Matlab中的当前目录更改为“ vi-HMM”文件夹，其中包含组织到子文件夹中的代码。 为了运行程序，必须将“ vi-HMM”及其子目录添加到路径中。 这可以通过在Matlab提示符下使用以下命令来实现 >> addpath(genpath(pwd)) 用vi-HMM分析的数据必须放在文件夹“数据”中。 vi-HMM已经随附示例数据，即ref.fa，example.sam和truevar.txt。 示例数据来自我们的模拟，该模拟基于具有四个隐藏状态的HMM：“匹配”，“ SNP”，“删除”和“插入”，具有过渡母体T和发射概率（E）。有关更多详细信息关于数据模拟