吉布斯采样matlab代码-ProteinFolding:模拟二维​​折叠多肽

吉布斯采样matlab代码介绍 蛋白质可以简化为一串珠子，对应于疏水性（H）或极性（P）氨基酸残基。 任意一对磁珠都可以通过以下给定的V（r）进行交互： V（r）= e [r -12 -2r -6 ] 其中r是两个小珠之间的归一化距离。 假设两个珠子都不是主要结构中的直接邻居，则让我们： 如果两个小珠均为H型，则e = E HH = 2.3。 如果两个磁珠属于不同类型，则e = E HP = 1。 如果两个小珠均为P型，则e = E PP = 0。 否则，如果它们是直接邻居，则使e = E NN = 10与类型无关。 通过汇总所有成对的珠子的Lennard-Jones势，我们可以计算出给定折叠序列前后的能量差。 这使我们能够证明蛋白质折叠是由能量减少（也就是能量向周围环境的释放）驱动的。 为什么蛋白质折叠被认为是生物学中尚未解决的问题？ 1969年，注意到由于未折叠多肽链中的自由度非常大，该分子具有天文数字的可能构象。 假设每个残基有3个可能的构象，那么对于一个100个残基长的多肽（因此具有198 phi和psi键角），该多肽可以折叠成3 198个可能的结构。 然而，除了这些结构之一以