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matlab集成c代码-cell_image_analysis:用于分析细胞图像的Matlab类:快速读取tiff图像,校正背景...
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2021-05-22
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Matlab集成的c代码细胞图像分析 一个函数和类库,可加快包含染色的(免疫荧光)细胞核的大图像的分析速度(大约200,000个细胞的大约20 mm x 20 mm的图像)。 有多种方法可用于分割核,图像背景和伪影校正以及特征提取。 方法使用GPU加速进行图像处理,并且可以在GPU上并行提取每个原子核的特征。 要求 Matlab版本R2017b或更高版本。 图像处理工具箱。 统计和机器学习工具箱。 并行计算工具箱-使用并行计算和GPU加速需要此工具箱。 假设条件 其中一些功能特定于染色核DNA的图像,例如使用DAPI或PI时。 并且CellExperiment类需要标记为DAPI的通道。 其他几种方法专用于处理使用整个玻片荧光读取器创建的图像。 假定tiff图像是使用Leica Aperio荧光玻片扫描仪创建的。 这些tiff图像的获取信息存储在tiff图像的ImageDescription标签(id:270)中。 此信息中需要的一条信息是MPP ,它以每像素微米为单位给出图像的空间比例。 安装 下载资源库。 在计算机上打开Matlab,然后将当前文件夹更改为下载的存储库。 运行set
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cell_image_analysis-master.zip (69个子文件)
cell_image_analysis-master
.gitignore 134B
LICENSE 1KB
helpers
createClassificationOptions.m 6KB
viewNucleiImages.m 9KB
plotNucleiMontage.m 5KB
FeatureGroups
HaralickTexture.m 6KB
Shape.m 10KB
Granularity.m 10KB
FeatureGroup.m 3KB
Location.m 4KB
FeatureExtractor.m 3KB
methods
fourierDescriptors.m 3KB
GLCMFeatures.m 4KB
computePerimeterFromBoundary.m 581B
ConvexArea.m 712B
invFourierDescriptors.m 869B
EmptyFeature.m 1KB
Intensity.m 4KB
readme.md 4KB
RadialIntensity.m 9KB
BasicProps.m 4KB
ObjectPartitioners
ObjectPartitioner.m 5KB
SALRGeoPartition.m 5KB
readme.md 3KB
DTWatershed.m 5KB
None.m 416B
example
ca_GFP.tif 81.01MB
ca_DAPI.tif 81.01MB
example_analysis.m 5KB
@CellExperiment
CellExperiment.m 40KB
setup.m 4KB
utilities
interp2mex_wExpand.c 5KB
hexplot.m 6KB
interpolator2d.m 2KB
displayProgress.m 6KB
interp2mex.m 1KB
interp2mex.c 5KB
nakeinterp1.m 1KB
hex2cart.m 1KB
clear2dborder.m 701B
createObjectImages.m 2KB
nakeinterp1.c 2KB
cart2hex.m 986B
decimateData.m 10KB
setTheme.m 3KB
interp2mex_wExpand.m 1KB
@TiffImg
Measure_Intensity.m 5KB
decimate_and_smooth.m 3KB
Compute_Background.m 5KB
otsuthresh_scale.m 3KB
Compute_DAPI_Corrections.m 14KB
Compute_Foreground.m 5KB
TiffImg.m 33KB
Compute_StripeArtifact.m 7KB
Measure_BasicProps.m 6KB
smoothSurf.m 482B
Compute_Channel_Corrections.m 7KB
Compute_Threshold.m 4KB
readme.md 8KB
Write_Object_Mask.m 6KB
smoothSurface.m 2KB
Compute_Sharpness.m 3KB
private
highpass.m 735B
Fit_Stripe_Artifact.m 8KB
readme.md 8KB
docs
example_nuclei.PNG 127KB
processing_img1.png 897KB
area_vs_dapi_distribution.PNG 38KB
radialIntensity.PNG 4KB
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