调整Matlab代码行距染色体分析
概述
染色体分析是一组工具,用于在通过荧光显微镜获得的减数分裂核的三维图像中分割和追踪粗线染色体的轴。
它被设计用于秀丽隐杆线虫的免疫荧光染色种系组织的图像,但适用于使用其他生物体中其他成像方式(例如共聚焦显微镜)采集的图像,条件是单个染色体的轴在原始图像中是可分辨的。
数据格式和组织
原始数据的基本单位是一组三维灰度图像,每个荧光通道一个,对应于单个视场(FOV)。
通常,存在两个或三个荧光通道:一个用于染色体轴标记,一个或两个用于其他感兴趣的特征(例如DAPI染色,FISH探针,DSB标记等)。
原始图像可以以各种专有格式存储。
此处的代码旨在对以DeltaVision(DV)格式存储的原始图像进行操作,但是第一步是将这些图像导出为TIFF堆栈,因此可以容纳其他原始图像格式,只要它们能以某种方式重新保存为TIFF堆栈。
在秀丽隐杆线虫中,每个FOV是来自单个动物的单个性腺的一部分。
来自一只动物的FOV一起收集到一个子目录中;
对应于从单个样品成像的所有动物的所有子目录(即,一批被染色但可能安装在多个载玻片上的动物)又被收集到一个目录中,这里称为
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