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matlab左除源代码-ECM_yeast:自动化管道用于啤酒酵母中央碳代谢简化模型的完整动力学参数化
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2021-05-28
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matlab左除源代码ECM_yeast 用于酿酒酵母中央碳代谢简化模型的完整动力学参数化的自动化管道。 作为输出,获得了SBtab模型文件,该文件将Kcat,KM和平衡常数纳入了原始网络中所有React的模块化速率定律中。 关键字词 回购类别:代谢建模; 利用:基于约束的新陈代谢建模; 领域:蛋白质分配研究; 眼科来源:蛋白质组学,代谢组学; 分类学:酿酒酵母 最近更新:2019-09-11 该存储库由查尔默斯理工大学生物与生物工程系系统与合成生物学系管理 安装 必备软件 (7.5或更高) 这 这 (建议使用5.17.0版)。 Python 3.6 安装说明 从克隆主分支。 在终端/命令外壳程序中,运行以下命令: pip install pandas git clone https://gitlab.com/elad.noor/equilibrator-api.git cd equilibrator-api python setup.py install 发展方针 欢迎任何人为OrthOmics的发展做出贡献,但请遵守以下准则。 每个功能都应从带注释的部分开始,该部分描述了功能并解释
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ECM_yeast-devel.zip (74个子文件)
ECM_yeast-devel
.gitignore 7B
results
parameters
kEqTable.txt 4KB
catalytic_rate_constant_subs.txt 4KB
catalytic_rate_constant_prods.txt 4KB
Michaelis_constant_prods.txt 7KB
Michaelis_constant_subs.txt 8KB
plots
collected_KMs.fig 27KB
collected_Kcats.fig 25KB
data
manual.xlsx 15KB
BRENDA
max_MW.txt 1.88MB
max_KCAT.txt 2.79MB
min_KM.txt 6.36MB
max_SA.txt 1.13MB
ProtDatabase.mat 4.07MB
TaxonomicDistance_KEGG.mat 1.26MB
Others
Copy of manual.xlsx 12KB
paramCoverage.xlsx 34KB
DataCoverage.pptx 1.49MB
EcoliNoorExcel.xlsx 80KB
code
model_curation
incorporateManualCuration.m 189B
ParametersCoverage.m 10KB
run_ECMyeast.m 212B
visualization
plotCDF.m 556B
parameterize_model
buildKEGGrxns.m 1KB
enhanceReducedGEM.m 2KB
getKineticData.m 9KB
getECM_model.m 2KB
createKEGGmodel.m 975B
getKEGGmets.m 3KB
getKeq.py 2KB
mapRxnInfo.m 2KB
metNamesExceptions.m 3KB
extract_indexes.m 3KB
addNewFields.m 408B
getParameterized_model.m 2KB
models
reducedYeast.xml 171KB
reducedYeast_ECM.tsv 58KB
model.mat 13KB
reducedYeast.mat 14KB
model.xml 171KB
reducedYeast_ECM.xml 299KB
model.xls 86KB
KEGG_model_Scaffold.txt 4KB
LICENSE 1KB
README.md 4KB
testcases
basicTests.m 2KB
sourceCode
makeBiomassEquation.m 954B
makeGrowthCol.m 673B
makeValueObjectWeight.m 444B
findIndex.m 84B
constrainModel.m 286B
runOptimization.m 1KB
makeValueObject.m 390B
testcases.m 3KB
fluxes
hoek1998.txt 5KB
costenoble2011.txt 2KB
daran-lapujade2003.txt 2KB
hoek1999.txt 3KB
postma1989.txt 4KB
heyland2009.txt 4KB
daran-lapujade2007.txt 2KB
meyenburg1969.txt 7KB
conditions
postma1989.xlsx 9KB
hoek1998.txt 297B
costenoble2011.txt 164B
daran-lapujade2003.txt 116B
costenoble2011.xlsx 13KB
meyenburg1969.xlsx 9KB
hoek1999.txt 133B
postma1989.txt 169B
heyland2009.txt 224B
daran-lapujade2007.txt 108B
meyenburg1969.txt 283B
atpYields.m 4KB
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