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matlab代码不反应-CRISPR-TN5:用于CRISPR介导的基因组编辑无偏测序的分析代码
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2021-05-26
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matlab代码不ReactCRISPR-TN5 使用Illumina Nextera表征由CRISPR基因编辑引起的复杂基因组改变的代码。 代码是在MATLAB中提供的,并且应在多个操作系统上运行,但只能在Windows上进行测试。 我们用于制备文库,但纯化的Tn5也可以使用。 请参阅扩展数据图(尚未发布)以查看优化协议的详细信息。 目的 提供该代码是为了确保已发布报告的可重复性(插入链接-尚未发布)。 这并不是要用作研究工具,但是如果您使用它并有疑问,请不要犹豫,我会尽力回答。 该代码分析了双核酸酶(例如CRISPR)的基因组编辑结果,以靶向删除DNA区域。 分析还包括两个AAV矢量基因组可以查询有意或无意的靶向整合的空间(请参阅参数文件)。 图1-多重基因组编辑的可能结果 基于Tn5的浓缩如何工作 图2-用于基因组编辑分析的Nextera富集概述 代码如何工作 图3-代码工作原理概述 在.fastq或.fastq.gz中读入fastq文件 删除错误的事件 Bin读为以下内容之一: 完整的未编辑等位基因 因德尔 有针对性的删除 AAV载体基因组整合 有针对性的反演 其他(神秘)-然
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CRISPR-TN5-master.zip (12个子文件)
CRISPR-TN5-master
pargRNA1.dat 11KB
images
Nextera_Fig3.png 69KB
readme 11B
Nextera_Fig1.png 22KB
Nextera_Fig2.png 56KB
pargRNA2.dat 11KB
CRISPR_TN5.m 18KB
README.md 4KB
AAV_Plot.m 3KB
exampledata
EX_READ2_truncated.fastq 308KB
directory 26B
EX_READ1_truncated.fastq 307KB
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