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matlab代码复制保留行号-MutSig2CV:Lawrence等人的MutSig2CV。2014年
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matlab代码复制保留行号MutSig2CV MutSig2CV()。 概述 MutSig2CV分析在DNA测序中发现的体细胞点突变,识别出比推断的背景突变过程偶然多的突变基因。 MutSig2CV包含三个独立的统计测试,下面简要描述: 丰度(CV) :推断基因突变重要性的最重要步骤是正确分类基因是否相对于某些背景突变率(BMR)高度突变,背景突变率在患者和基因之间的宏观水平以及微观水平上均不同跨序列上下文。 MutSig解释了所有这三个因素,以便在每个基因,-患者和-上下文级别重新规范BMR。 聚类(CL) :基因通常带有突变热点,即经常突变的特定位点。 在进行丰度计算时,在基因水平上对突变进行聚类,而对局部位点上的突变进行聚类,这使得MutSig可以区分具有均匀分布的突变的基因与具有局部热点的基因,从而为后者赋予更高的意义。 保守(FN) :MutSig使用进化保守作为代理来确定突变位点的功能重要性。 它假设在整个脊椎动物中高度保守的遗传位点比弱保守的位点具有更大的功能意义。 MutSig为在高度保守位点经历频繁突变的基因赋予了更高的意义。 有关每种测试中MutSig2CV套件中
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matlab代码复制保留行号-MutSig2CV:Lawrence等人的MutSig2CV。2014年 (158个子文件)
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hist2d_fast.c 2KB
count_overlaps_fast2.c 2KB
str2doubleq.cpp 10KB
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MutSig_2CV_v3_11_core.m 48KB
calculate_significance.m 48KB
find_mut_categs.m 14KB
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apply_mutation_blacklist.m 2KB
get_chrcount.m 2KB
MutSig2CV.m 2KB
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concat_structs.m 2KB
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impose_default_value.m 2KB
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format_number.m 2KB
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collapse_context_and_effect_categories.m 1KB
add_and_convert_simple_fieldnames.m 1KB
map_categories_to_65.m 1KB
concat.m 1KB
read_dlm_file.m 1KB
find_good_names_for_mutation_categories.m 1KB
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replace_with_simulated_data.m 1KB
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load_struct_noheader.m 1KB
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stringsplice.m 832B
collapse_Nn_64_by_strand.m 823B
merge_structs2.m 813B
demand_file.m 796B
interpret_build.m 730B
dlmsep.m 729B
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unique_keepord.m 637B
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