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matlab图像分割肿瘤代码-aCNViewer:全面的全基因组可视化,显示绝对拷贝数和拷贝中性变异
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2021-05-22
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matlab图像分割肿瘤代码aCNViewer 全基因组范围内的绝对拷贝数和拷贝中性变异的全面可视化 联系人: Victor Renault / Alexandre How-Kit() aCNViewer(Absolute CNV Viewer)是一种工具,可以在一组癌症样本中可视化绝对CNV和cn-LOH。 aCNViewer提出了三种图形表示形式:树状图,二维热图(允许可视化共享相似异常模式的染色体区域)和定量堆叠直方图,从而有助于识别复发的绝对CNV和cn-LOH。 aCNViewer包括一个完整的流水线,允许分别使用ASCAT和Sequenza算法处理来自SNP阵列的原始数据(仅在肿瘤或成对的肿瘤/正常模式下)和整个外显子/基因组测序实验(仅在成对的肿瘤/正常模式下)用于图形输出的绝对CNV和cn-LOH数据。 目录 : 处理SNP阵列数据: (如果要概述所有绘图选项和不同的使用场景,请从此处开始): 安装 Docker安装 安装aCNViewer的最简单方法是安装(支持多线程,但不支持更适合于处理NGS bams的计算机群集): docker pull fjd
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aCNViewer-master.zip (30个子文件)
aCNViewer-master
Dockerfile 2KB
LICENCE 34KB
README.md 43KB
code
FileHandler.py 21KB
color.py 3KB
Utilities.py 13KB
annovar.py 37KB
aCNViewer.py 341KB
ObjectBase.py 9KB
sort.py 1KB
commandLineUtils.py 6KB
position.py 6KB
R.py 5KB
MultiDict.py 4KB
coverage.py 11KB
FolderIterator.py 15KB
ValueParser.py 4KB
WebExtractor.py 10KB
heatmap.2.2.R 28KB
Cluster.py 53KB
img
matrix_relCopyNb_2000000nt_heatmap_BCLC_stage_ward_10.png 243KB
matrix_rawCopyNb_2000000nt_heatmap_BCLC_stage_ward_00.png 254KB
matrix_relCopyNb_2000000nt_heatmap_BCLC_stage_ward_11.png 182KB
aCNViewer.png 85KB
broad_significance_results.txt 2KB
GSE9845_lrr_baf.segments_hg18_cov_hist_hetHom.png 107KB
rColor.txt 483B
all_lesions.conf_90.txt 33KB
GSE9845_lrr_baf.segments_hg18_cov_hist.png 123KB
matrix_rawCopyNb_2000000nt_dendro_BCLC_stage_rawCopyNb.png 101KB
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