在Windows环境下，特别是IIS6.0服务器上配置PHP5.3.3版本的步骤和注意事项，与之前5.2及以前版本的配置方法有较大差异。由于新版本不再支持isapi方式，因此必须采用fastcgi方式来实现。需要在IIS6.0环境下进行必要的配置。在配置过程中，对于之前版本较为熟悉的开发者可能会发现5.3.3版本的配置过程更为复杂，并且有可能遇到一些兼容性问题，如在配置过程中可能会导致Apache服务器出现问题，而解决这些问题可能相对困难。
接下来详细说明配置步骤，首先需要下载PHP5.3.3的Windows版本，这里应当注意选择VC9x86NonThreadSafe版本，以便与32位Windows系统兼容。下载完成后，解压缩到指定目录（本例中为D:\PHP），并修改php.ini文件，设置extension_dir为PHP目录下的ext文件夹，确保所有必要的扩展（如php_mbstring.dll等）被启用，并且需要调整一些性能参数，例如内存限制（memory_limit）、上传文件大小限制（post_max_size和upload_max_filesize）。
在配置过程中，特别注意几个参数的修改。magic_quotes_gpc参数需要设置为On，以增强SQL注入防护。register_globals设置为Off时会导致全局变量传递无效，因此需要改为On。另外，short_open_tag在某些情况下需要打开，以便支持短标签。
完成PHP配置后，还需要下载并安装Microsoft提供的FastCGI扩展模块。安装过程中需要指定PHP目录下的php-cgi.exe的路径，并在fcigext.ini文件中添加相应配置。安装完成后，需要在IIS中进行一系列设置来启用FastCGI扩展，并使其与PHP协同工作。这包括在网站的“主目录”配置中添加FastCGI扩展，并设置相应的执行权限。
通过创建一个简单的test.php文件并在浏览器中访问来测试PHP是否通过FastCGI正常工作。这个测试脚本包含phpinfo()函数，能够显示PHP运行环境的所有信息，通过这个页面可以验证PHP的配置是否正确。
在整个配置过程中，遇到任何问题都可能意味着需要返回检查每一步是否正确执行，特别是检查路径设置、参数配置以及IIS的FastCGI扩展配置。如果之前使用的是Apache服务器，那么在IIS上配置时可能会需要对服务器的行为和配置选项有所了解，因为两者在管理配置上存在一定差异。
总结来看，配置Windows下的IIS服务器使用FastCGI运行PHP5.3.3主要涉及以下步骤：下载PHP适合Windows的压缩版本并解压到指定目录；修改php.ini文件中必要的路径和参数设置；下载并安装FastCGI扩展，并在IIS中进行配置；最后通过测试文件验证配置是否成功。在配置过程中务必细致并注意各参数的兼容性和安全性设置，确保PHP应用的稳定和安全运行。
