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颜色分类leetcode-DeepCC:一种新的基于深度学习的癌症分子亚型分类框架
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2021-07-06
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颜色分类leetcode 深度CC DeepCC:一种新的基于深度学习的癌症分子亚型分类框架 () 更新 添加了对使用 keras 框架进行深度学习的支持。 修改了深度网络架构以获得更好的性能。 依赖关系 当前版本的 DeepCC 依赖于 keras 框架,支持 CPU 和 GPU。 请先按照说明安装在 R 中,并确保 keras 能够正确运行。 安装 您可以使用 devtools 直接从 GitHub 安装 DeepCC。 install.packages("devtools") devtools::install_github("CityUHK-CompBio/DeepCC") 或者 install.packages("remote") remotes::install_github("CityUHK-CompBio/DeepCC") 快速开始 作为案例研究,您可以从 CRCSC 的存储库中获取组织良好的结直肠癌数据。 DeepCC 只需要两个输入即可启动。 一个包含基因表达谱的数据框(每一行代表一个患者样本,列名应该是基因的 Entrez 标识符) 包含训练标签的字符向量( NA
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DeepCC-master.zip (33个子文件)
DeepCC-master
DeepCC.Rproj 356B
NAMESPACE 477B
README.html 620KB
DESCRIPTION 601B
src
calcEnrichmentScore.cpp 996B
RcppExports.cpp 1KB
.gitignore 15B
R
sysdata.rda 4.89MB
get_msigdbr.R 884B
DeepLearning.R 5KB
FunctionalSpectra.R 5KB
RcppExports.R 271B
utils.R 3KB
.Rbuildignore 28B
LICENSE 1KB
README.md 5KB
data
MSigDBv7.rda 4.69MB
MSigDBv6.rda 4.79MB
MSigDBv5.rda 2.52MB
man
getFunctionalSpectrum.Rd 2KB
cross_validation.Rd 685B
preprocessGeneList.Rd 482B
get_gene_sets.Rd 422B
vis_samples.Rd 468B
get_DeepCC_prob.Rd 307B
get_msigdbr.Rd 529B
calcEnrichmentScore.Rd 588B
get_DeepCC_label.Rd 695B
train_DeepCC_model.Rd 787B
getFunctionalSpectra.Rd 846B
get_DeepCC_features.Rd 581B
.gitignore 44B
_config.yml 29B
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weixin_38516380
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