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DNAstar
中文使用说明书
目录
DNAStar的安装与升级……………………………………………….….6
EditSeq的使用方法……………………………………………………….7
打开已有序列
寻找开放读框
DNA序列翻译
遗传密码选择使用
遗传密码修改
序列的反向互补及反向转换
BLAST检索
序列信息查看
序列校读
序列的保存与输出
GeneQuest的使用方法……………………………………………………12
打开已有分析文件
GeneQuest的DNA分析方法
用分析方法操作
方法参数改变
结果展示优化
Feature注释
BLAST检索
Entrez Database检索
GeneQuest的其他特点
保存分析文件

MapDraw的使用方法………………………………………………………18
新酶切图制作
过泸器类型
应用频率过泸器
应用手动过泸器
使用过泸器一览表
使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具
酶信息显示
环形展示
ORF图
显示择选
保存,退出
MegAlign的使用方法…………………………………………………….23
创建队列文件
序列设置
Pairwise Alignment
使用 Dot Plot Method
多序列比较
Phylogenetic Tree查看
查看队列报告
Decorations/Consensi
MegAlign文件保存
PrimerSelect的使用方法……………………….….………………….28
创建PrimerSelect文件
定义引物特点
查找引物对
浏览其他的引物信息
按特征对引物分类
引物长度改变
在引物中引入突变
设计新引物
使用寡核苷酸订购表格
保存 PrimerSelect 文件
Protean的使用方法…………………………………………..…………34
创建蛋白质分析文件
Protean’s蛋白质分析方法
应用分析方法
方法参数改变
优化结果显示
使用蛋白酶消化与SDS PAGE
Feature注释
BLAST检索
二级结构模拟
展示滴定曲线

保存分析文件
SeqManII的使用方法………………………………………….…………39
输入序列片段
Pre-Assembly Options操作
检查修整的数据
序列装配
查看范围和构建结果
去除矛盾碱基和缺口
手动修改序列末端
文件保存与序列输出

DNAStar的安装与升级
如果您以前已经安装了
Lasergene
而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英
特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可
以选择性的下载安装。
必备条件
您的用户名和会员号是必需的,可以在安装盘上找到。
程序升级
备份您已有的
Lasergene
,找到您要升级的执行程序,并把它转移到备份的文件
夹中。
连接到DNAstar网站的主页(http://www.dnastar.com),从菜单中的Customers中
点击Lasergene Updates点,安提示输入密码和用户名(与会员名相同),这样
就会打开下载页面。
找到windows软件(Windows 95/98/NT Software.),就可以下载您想要的模块了。
模块下载完毕以后,双击文件将其解压缩完毕。
看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。
软件安装
本节介绍若何从CD在PC机(Windows)上安装
Lasergene
。注意安装是尽量关闭所
有其它程序以保证安装顺利进行。
必备条件
一张个人的
Lasergene
安装盘;
一张
Lasergene
软件光碟;
足够的硬盘空间和内存:至少30Mb的硬盘,32Mb的RAM。
从光盘安装
Lasergene
插入安装盘和安装光盘,双击安装图标,则出现下面的窗口,点击继续则出现安
装窗口。
随后一次出现下面窗口,请按照提示做出选择然后点击Next,直至完成安装。
EditSeq的使用方法
EditSeq 是能够迅速、正确地输入,并且修改 DNA 或蛋白质序列工具。每个
EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的部分,上边的一部分为序列文件,中间的
一部分里是评论,底部是序列的注释。

EditSeq 能读取大部分的序列格式——包括 FASTA,GenBank,ABI、GCG 和
ASCII 格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外, 序列也许通
过使用键盘输入,或者从其他地方复制、粘贴得到。经 Entrez 或 BLAST 检索得
到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。
序列被打开后,EditSeq 能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译,或者反
翻译,寻找开放读框,还可以进行阅读校对。另外, EditSeq 能以 GenBank,FASTA
和 GCG 格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助,可以和 DNASTAR 联络。电话:(608)
258-7420,传真:(608)258-7439,电子信件:support@dnastar.com,或者经
http://www.dnastar.com.
打开已有序列
我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用 Windows 打开“tethis21.seq”开
始。
假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用 EditSeq 打开序列的同时,用 Set
Ends 命令去除 5’和 3’污染序列。
从文件菜单(FILE MENU),选择 Open。
打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。
单击位于对话框右下角的 Set Ends 按钮。Set Ends 被打开(如右)。
在 5’框和 3’框中键入 50 和 850,点击 OK。
单击 Open 打开序列。
当 EditSeq 窗口打开时,序列长度显示在右上
角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列
中 的 801 bp 的 片 段 。 Set Ends 选 择 在 全 部
Lasergene 应用程序中都可以使用。
寻找开放读框
在这入门的一部分中,我们将确定序
列中最大的 ORF,并翻译它。
从 SEARCH MENU 找到 ORF,点击打开
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