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autodock vina 软件
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autodock
vina
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2018-01-18
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autodock vina软件,非常好用,计算起来也很方便!!!!!!
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autodock软件
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很棒的分子对接软件,AUTODOCK采用模拟退火和遗传算法来寻找受体和配体最佳的结合位置,用半经验的自由能计算方法来评价受体和配体之间的匹配情况
AutoDock-Vina:AutoDock Vina
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AutoDock Vina:对接和虚拟筛选程序 AutoDock Vina是最快,使用最广泛的开源对接引擎之一。 它是一个交钥匙的计算对接程序,它基于简单的评分功能和快速的梯度优化构象搜索。 它最初是由分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实施的,现在由斯克里普斯研究所的Forli实验室进行维护和开发。 AutoDock4.2和Vina评分功能 支持同时对接多个配体和分批模式进行虚拟筛
AUTODOCK软件,最早的对接软件
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对接软件哟
利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图
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大家注意一下,我的热图代码里面用的是txt文件中倒数第10行的数据,如果你的txt对接结果中有这句话"Writing output ... done."。需要用记事本把py文件打开,把这句 for i in f.readlines()【-10】,改成for i in f.readlines()【-9】。 才是正确的最上面的对接结合能。 另外我做了筛选,把-7.0以上的筛选掉了,如不需要筛选,把下面
autodock安装
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autodock安装说明,帮助你横好的安装这款软件,用于大分子连接
AutoDock中文教程.pdf
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AutoDock中文教程.pdfAutoDock中文教程.pdfAutoDock中文教程.pdfAutoDock中文教程.pdfAutoDock中文教程.pdf
autodock-vina及视频教程.rar
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autodock-vina在autodock的基础上开发,实现了多线程任务模式,提高了运算速度,同时给大家提供了一个简单的官网教学视频供大家使用。
AutoDock/vina PyMOL插件的使用
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AutoDock/vina PyMOL插件的使用
AutoDock 4.2 官方使用教程(中文版)
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AutoDock 4.2 官方使用教程中文版(Bioms小组翻译)对于蛋白质对接使用软件,对于信息工程方面应用很广使用。
Autodocksuite 4.2.5
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最新版AutoDOck,32位Windows版本。很好用,很厉害。
Autodock Vina 批量分子对接
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Autodock vina 批量分子对接,Slurm 调度器
AutoDock Vina 1.1.2 - 64-bit:针对x86_64系统CentOS 6.7的AutoDock Vina 1.1.2的编译。-开源
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利用Oleg Trott博士的AutoDock Vina 1.1.2的开源代码,提供了vina和vina_split的有效二进制文件。 对于不太熟悉在Linux机器上构建源代码的人,这些文件可能会有所帮助。 由于在超级计算机上对某些系统配置进行更改后...
Autodock.rar
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Autodock的使用说明,有英文版的,Autodock的各种应用以及中文版的
结合区口袋的体积影响AutoDock Vina虚拟筛选的准确性
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结合区口袋的体积影响AutoDock Vina虚拟筛选的准确性 ,陈旭栋,曹洋,基于结构的虚拟筛选是一项利用分子对接技术从大量候选的化合物分子文库中对受体靶点蛋白的潜在抑制剂进行大规模筛选的高效率计算
AutodockTools
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用于模拟,与autodock一起可以做打分子与小分子docking
对接程序autodock
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分子对接软件autodock,很优秀很优秀
专业工具autodock
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原创-AutoDock使用札记(1) AutoDock在2.0以前使用的是模拟退火算法(Simulated Annealing Algorithm),在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(Lamarckian Genetic Algorithm,LGA)。Autodock和Dock一样,都是基于格点(grid)的计算,首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box,然后用不同类型的原子作为探针(pr
AutoDock+MGLtools1.5.6-windows版.rar
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本软件为蛋白对接软件Windows版本,包含了AutoDock对接软件和Autodocktools对接视图软件。
autodock使用简介
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这是我的学生编辑的,最好在linux下的openoffice下阅读。
autodock中文教程
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一款用于分子模拟的软件使用指南,分子对接模拟,蛋白模拟
mgltools_win32_1.5.7rc1.exe
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本软件为autodock的Windows版视图软件,版本号为1.5.7rc1是tools1.5.6的升级版。mgltools_win32_1.5.7rc1此版本增加了蛋白质序列的显示等功能。
AutoDock中文教程
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3星 · 编辑精心推荐
AutoDock是一套用来自动分子对接的软件,可以预测小分子是如何与已知三维结构的受体结合的。AutoDock包含两套程序:AutoDock表现的是配基如何栅格化的蛋白对接;AutoGrid则用来计算这些格栅。在进一步利用它们对接时,这些原子亲和力网可以被可视化。同时,还开发的用户图形界面AutoDockTools(ADT)。
AutoDock-GPU:适用于GPU和其他加速器的AutoDock
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AutoDock-GPU:适用于GPU和其他加速器的AutoDock 关于 OpenCL和Cuda加速版的AutoDock4.2.6。 它通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿势来利用其令人尴尬的可并行LGA。 OpenCL版本是与TU-Darmstadt合作开发的,...
dockingbox:基于 Biojava 的实用程序,用于根据氨基酸和原子位置选择对接框。 用于 iDock、Autodock Vina 等工具
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用于 iDock、Autodock Vina 等工具。 要使用该工具,只需实例化阅读器并输入要放置边界框的 PDBID、链和残基(位置) PDBReader reader = new PDBReader(); double[] box = PDBStructureUtils.getBoundingBox...
dockit:使用Vina系列引擎与多个目标和配体进行高通量分子对接
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使用AutoDock Vina系列引擎执行与多个目标和配体的高通量分子对接。 :gem_stone: 产品特点 同时与多个靶标和配体进行分子对接。 灵活的目标残留声明。 使用其他类似Vina的引擎,例如或 。 随MGLTools分发的原始...
raccoon_fox_tutorial.pdf
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DoTS:目标系统对接接口(将一个分子与多个目标对接的程序)
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DoTS 是 Target Systems 的开源 Docking 接口,用于将 1 个分子与多个目标对接 它支持 SMILES 和与 AutoDock Vina 的结构绘制对接。 它运行 如果没有这些优秀的开源项目,这个项目就不可能实现: Django - Python ...
角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选 (2012年)
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以SQS抑制剂CP-320473为先导物,在60%结构相似性的基础上,先通过AutoDock Vina软件进行分子对接,再选取结合能量最低的新化合物进行分子对接研究.结果表明:zinc_8442249比先导化合物CP-320473的抑制效果更好;SQS活性...
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Jamixiong
2019-10-16
超级好用的对接分子软件
qq_41649677
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