Gene Ontology (GO) 简介
目的： 为了查找某个研究领域的相关信息，
生物学家往往要花费大量的时间，更糟糕
的是，不同的生物学数据库可能会使用不
同的术语，好比是一些方言一样，这让信
息查找更加麻烦，尤其是使得机器查找无
章可循。 Gene Ontology 就是为了解决这
种问题而发起的一个项目。
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Gene Ontology 中最基本的概念是 term 。
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GO 里面的每一个 entry 都有一个唯一的数
字标记，形如 GO:nnnnnnn ，还有一个 te
rm 名，比如“ cell”, “fibroblast （纤维组
织母细胞 ） growth factor receptor （受
体） binding” ，或者“ signal transducti
on” 。
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每个 term 都属于一个 ontology ，总共有
三个 ontology ，它们分别是 molecular fu
nction, cellular component 和 biological
process 。
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一个基因 product 可能会出现在不止一个 cellula
r component 里面，也可能会在很多 biological
process 里面起作用，并且在其中发挥不同的 m
olecular function 。
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比如，基因 product “cytochrome （细胞色素）
c” 用 molecular function term 描述是“ oxidore
ductase activity （氧化还原酶活性）”，而用 bi
ological process term 描述就是“ oxidative pho
sphorylation （氧化磷酸化）”和“ induction of c
ell death” ，
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最后，它的 celluar component term 是“ mitoch
ondrial matrix （线粒体）”和“ mitochondrial in
ner membrane” （线粒体内部膜）。
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Ontology 中的 term 有两种相互关系，它
们分别是 is_a 关系和 part_of 关系。
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is_a 关系是一种简单的包含关系，比如 A i
s_a B 表示 A 是 B 的一个子集。比如 nucl
ear chromosome is_a chromosome 。
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part_of 关系要稍微复杂一点， C part_of_
D 意味着如果 C 出现，那么它就肯定是 D
的一部分，但 C 不一定总会出现。比如 nu
cleus part_of cell ，核肯定是细胞的一部
分，但有的细胞没有核。
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Ontology 的结构是一个有向无环图，有点
类似于分类树，不同点在于 Ontology 的结
构中一个 term 可以有不止一个 parent 。
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比如 biological process term "hexose b
iosynthesis" 有两个 parents ，它们分别
是 "hexose metabolism" 和 "monosacc
haride biosynthesis" ，这是因为生物合
成是代谢的一种，而己糖又是单糖的一种。
