MANIFEST.in
setup.py
version.py
src/protect/__init__.py
src/protect/addons.py
src/protect/common.py
src/protect/mutation_translation.py
src/protect/rankboost.py
src/protect/version.py
src/protect.egg-info/PKG-INFO
src/protect.egg-info/SOURCES.txt
src/protect.egg-info/dependency_links.txt
src/protect.egg-info/entry_points.txt
src/protect.egg-info/not-zip-safe
src/protect.egg-info/requires.txt
src/protect.egg-info/top_level.txt
src/protect/alignment/__init__.py
src/protect/alignment/common.py
src/protect/alignment/dna.py
src/protect/alignment/rna.py
src/protect/binding_prediction/__init__.py
src/protect/binding_prediction/common.py
src/protect/binding_prediction/mhci.py
src/protect/binding_prediction/mhcii.py
src/protect/expression_profiling/__init__.py
src/protect/expression_profiling/rsem.py
src/protect/haplotyping/__init__.py
src/protect/haplotyping/phlat.py
src/protect/mutation_annotation/__init__.py
src/protect/mutation_annotation/snpeff.py
src/protect/mutation_calling/__init__.py
src/protect/mutation_calling/common.py
src/protect/mutation_calling/fusion.py
src/protect/mutation_calling/indel.py
src/protect/mutation_calling/muse.py
src/protect/mutation_calling/mutect.py
src/protect/mutation_calling/radia.py
src/protect/mutation_calling/somaticsniper.py
src/protect/pipeline/ProTECT.py
src/protect/pipeline/ProTECT_large.py
src/protect/pipeline/__init__.py
src/protect/pipeline/input_parameters.yaml
src/protect/qc/__init__.py
src/protect/qc/rna.py
src/protect/test/ci/__init__.py
src/protect/test/ci/test_protect.py
src/protect/test/unit/__init__.py
src/protect/test/unit/test_alignments.py
src/protect/test/unit/test_file_downloads.py
src/protect/test/unit/test_mhc_pathway_assessment.py
src/protect/test/unit/test_mutation_callers.py
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protect-2.1.5a1.dev72
MANIFEST.in 69B
PKG-INFO 275B
src
protect.egg-info
PKG-INFO 275B
requires.txt 7B
not-zip-safe 1B
SOURCES.txt 2KB
entry_points.txt 59B
top_level.txt 8B
dependency_links.txt 1B
protect
expression_profiling
__init__.py 641B
rsem.py 3KB
common.py 20KB
haplotyping
phlat.py 9KB
__init__.py 641B
pipeline
__init__.py 0B
ProTECT_large.py 113KB
ProTECT.py 29KB
input_parameters.yaml 5KB
mutation_translation.py 3KB
test
ci
test_protect.py 2KB
__init__.py 0B
unit
test_mutation_callers.py 6KB
test_mhc_pathway_assessment.py 5KB
test_alignments.py 5KB
__init__.py 0B
test_file_downloads.py 4KB
addons.py 5KB
mutation_calling
common.py 8KB
muse.py 8KB
fusion.py 1KB
radia.py 17KB
indel.py 1KB
__init__.py 641B
somaticsniper.py 15KB
mutect.py 8KB
alignment
common.py 2KB
dna.py 10KB
rna.py 5KB
__init__.py 642B
mutation_annotation
__init__.py 641B
snpeff.py 3KB
__init__.py 642B
binding_prediction
common.py 14KB
mhci.py 2KB
mhcii.py 4KB
__init__.py 641B
version.py 624B
rankboost.py 4KB
qc
rna.py 3KB
__init__.py 641B
setup.cfg 65B
setup.py 3KB
version.py 624B
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