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第一章 概论.................................................................................................................................. 3
第二章 生物信息数据库与查询................................................................................................... 5
2.1 基因和基因组数据库............................................................................................... 5
1. Genbank .................................................................................................................. 5
2. EMBL 核酸序列数据库......................................................................................... 7
3. DDBJ 数据库.......................................................................................................... 7
4. GDB ........................................................................................................................ 7
2.2 蛋白质数据库........................................................................................................... 8
1. PIR 和 PSD ............................................................................................................. 8
2. SWISS-PROT ......................................................................................................... 8
3. PROSITE ................................................................................................................ 9
4. PDB......................................................................................................................... 9
5. SCOP....................................................................................................................... 9
6. COG........................................................................................................................ 9
2.3 功能数据库............................................................................................................. 10
1. KEGG ................................................................................................................... 10
2. DIP........................................................................................................................ 10
3. ASDB.................................................................................................................... 10
4. TRRD.................................................................................................................... 11
5. TRANSFAC.......................................................................................................... 11
2.4 其它数据库资源..................................................................................................... 11
1. DBCat ................................................................................................................... 11
2. PubMed................................................................................................................. 12
第三章 序列比对和数据库搜索................................................................................................ 12
3.1 序列两两比对......................................................................................................... 12
3.2 多序列比对............................................................................................................. 17
第四章 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析......................................................................... 18
4.1 针对核酸序列的预测方法..................................................................................... 18
1. 重复序列分析....................................................................................................... 18
2. 数据库搜索........................................................................................................... 19
3. 编码区统计特性分析........................................................................................... 19
4. 启动子分析........................................................................................................... 19
5. 内含子/外显子剪接位点..................................................................................... 20
6. 翻译起始位点....................................................................................................... 20
7. 翻译终止信号....................................................................................................... 20
8. 其它综合基因预测工具....................................................................................... 20
9. tRNA 基因识别.................................................................................................... 21
4.2 针对蛋白质的预测方法......................................................................................... 21
1. 从氨基酸组成辨识蛋白质................................................................................... 21
2. 预测蛋白质的物理性质....................................................................................... 22
3. 蛋白质二级结构预测........................................................................................... 22
