专项审计报告是企业在申请高新技术企业认定时必须提交的重要文件，旨在确保企业的研究开发费用和高新技术产品（服务）收入的真实性和合规性。这份报告基于《认定办法》和《工作指引》进行编制，由具有资质的中介机构进行审计，目的是为了提供一份客观公正的财务数据证明。
审计报告的内容主要包括两个核心部分：研究开发费用的专项审计和高新技术产品（服务）收入的专项审计。对于研究开发费用的审计，审计机构会检查近三个会计年度的数据，以确认企业是否满足高新技术企业认定的要求，如企业须将年均研发投入占销售收入的比例保持在一定水平（通常为3%、4%或6%）。审计内容涉及人员人工、直接投入、折旧费用与长期费用摊销、设计费用以及装备调试费等多个方面。
人员人工指的是参与研发活动的所有人员的薪酬，包括基本工资、奖金等，但不包括股权激励和社保等非工资性支出。人员分为研究人员、技术人员和辅助人员，每类人员需有明确的职责和参与的项目。
直接投入则涵盖在研发过程中消耗的原材料、中间试验和产品试制的费用，以及租赁设备的租金等。这些费用需要按照项目进行合理分摊，确保准确反映每个项目的研究投入。
折旧费用与长期待摊费用涉及因研发活动产生的固定资产折旧和改良支出。这部分费用应根据项目分摊表进行核实，包括研发设施的大修理费用。
设计费用是指在新产品和新工艺开发过程中的设计成本，包括技术规范、操作特性的设计等。装备调试费则指在研发阶段为生产准备所做的费用，但不包括大规模批量生产的常规工装准备费用。
高新技术产品（服务）收入的审计同样重要，它要求企业提供近一个会计年度的收入专项审计，以证明企业主要收入来源于高新技术产品或服务。这部分审计内容包括销售合同、发票、收入确认原则等，确保收入的合法性和真实性。
审计报告的目的是供高新技术企业认定机构和专家评审使用，作为评审企业是否符合高新技术企业资格的重要依据。申请材料除了审计报告外，还包括企业营业执照、知识产权证书、科技计划立项证明、员工结构和研发人员比例说明等。
专项审计报告是评估企业研发活动和收入的关键文件，其详尽和准确直接影响到企业能否成功获得高新技术企业的认定，享受相关的税收优惠和其他政策支持。因此，企业必须严格按照相关规定，建立健全财务制度，确保报告的真实性与完整性。
