LAMMPS教程

所需积分/C币:46 2017-12-25 16:29:30 8.64MB PDF
收藏 收藏 2
举报

LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发,以GPL license发布,即开放源代码且可以免费获取使用,这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。 一般特点 支持并行计算 分布式内存MPI spatial-decomposition of simulation domain for parallelism LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,可以翻译为
中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.分子动力学模拟基本概念 3 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.1.计算科学一理论与实验科学的桥梁 求解 模型参数」 理论科学 计算科学 实验科学 模型框架 指导 计算物理的作用 求解解析理论无法求解的问题 模拟多体问题,得到更贴近实际体系的结果 模拟实验做起来困难或不可能做的条件 冫计算用到大量近似和模拟理想化实验条件,所以还是更贴近理论 4 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.2.分子模拟一研究原子分子层面的物性 计算物理包括数值求解和计算机模拟两大类 对物质的模拟大致分为宏观、介观、微观三个层次 Particle 之∵ NOT TO SCALE 分子模拟 分子模拟方法分为 Monte carlo(MC)和 Molecular Dynamics(MD)两大类 对 Boltzmann分布的重要性采样:统计物理是理论基础. 5 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.3.第一性计算一电子结构方法 解多体薛定谔方程:HH({r})=E屮({r}) 方程中包含所有原子核和电子的哈密顿量和波函数 原子间相互作用由主要由电子决定 计算系统最低能量构型,原子光谱等 计算化学反应势垒,速率等 Gaussian软件包 6 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.4.第一性计算一密度泛函理论 解多体薛定谔方程:H(ρ({r})=E屮(p({ry) 用电子密度代替电子坐标,从而大大减少计算自由度 nuked 适于进行较大体系的计算 VASP软件包 仍然难以做有限温度的模拟 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.5.蒙特卡罗(M)模拟 Monte Carlo algorithm 88 °o 8e8 9 Generate initial structure R. Calculate V(r) Modify structure to R. Calculate V=V(r) 8 88 odo ooo If y<y then oo8 RR, vHy P(raND) else Generate random number rand (V-V/kT RAND 0RAND>只计算势能,不用计 RHR. VHv 算力 End if 基于 Boltzman分 End if Repeat for N steps 布,只能模拟平衡态体系 http://cmm.cit.nihgov/introsimulation/node25.html 模拟步长可以很大 8 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 1.6.全原子分子动力学模拟 数值方法求解多体牛顿方程F()=∑E(c() F a. ( t F(t) F (t+1)=v1(t)+a1(1)△ 热耦调节 速度以实 现恒温模 (t+1)=r()+v(t+1)△ >通过拟合实验数据或第一性计算获得的数据确定经验力场{F} 冫经验力场的精度直接影响模拟结果的质量 冫并行计算环境下可模拟几百万个原子,时间尺度约几十纳秒 9 中阅評魂理论理研置所 The Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences 分子动力学模拟软件 AMBER GROMACS能LE CHARMM VMD isual Molecular dyna mics NAMD University of Illinois at UrhannChammgin 10

...展开详情
试读 110P LAMMPS教程
立即下载 低至0.43元/次 身份认证VIP会员低至7折
    抢沙发
    一个资源只可评论一次,评论内容不能少于5个字
    关注 私信 TA的资源
    上传资源赚积分,得勋章
    最新推荐
    LAMMPS教程 46积分/C币 立即下载
    1/110
    LAMMPS教程第1页
    LAMMPS教程第2页
    LAMMPS教程第3页
    LAMMPS教程第4页
    LAMMPS教程第5页
    LAMMPS教程第6页
    LAMMPS教程第7页
    LAMMPS教程第8页
    LAMMPS教程第9页
    LAMMPS教程第10页
    LAMMPS教程第11页
    LAMMPS教程第12页
    LAMMPS教程第13页
    LAMMPS教程第14页
    LAMMPS教程第15页
    LAMMPS教程第16页
    LAMMPS教程第17页
    LAMMPS教程第18页
    LAMMPS教程第19页
    LAMMPS教程第20页

    试读已结束,剩余90页未读...

    46积分/C币 立即下载 >