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DNA序列的分类.ppt
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数学建模
DNA序列的分类
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DNA序列的分类
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DNA
序列的分类
摘要
: 本文对
A
题中给出的
DNA
序列分类问题
进行了讨论.从“
不同序列中碱基
含量不同”入手
建
立了欧氏距离判别
模型,马氏
距离判别模型以
及
Fi
sher
准则判定模型;又从
“不同序列中碱
基位置不
同”入手建立了
利用序列相关知识
的相关度分
类判
别算法.并进一步
研究了带反
馈的相关度分类
判别
算法.对于题中所
给的待分类
的人工序列和自
然序
列.本文都一一作
了分类.接
着,本文又对其
它各
种常见的分类算法
进行了讨论
、并着重从分类
算法
的稳定性上对几种
方法作了比
较.
3
符号约定
na
:
任一给定序列中
碱基
A
的
百分含量;
ng
:任一给定序列中碱基
G
的百分含量;
nt
:
任一给定序列中
碱基
T
的
百分含量;
nc
:任一给定序列中碱基
C
的百分含量
.
Gi
:由某些具有相同同
性的个体组成的类
4
问题的分析和解答
4
.
1
概述
根据题意,我
们首先要提
取出一个序列的
特征,
然后给出它的数学
表示,最后
选择并构造基于
这种
数学表示的分类方
法。对于一
个任意一个
DNA
序
列,我们认为,反
映该序列特
征的方面有两个
:
1
.
碱基的含量,反映
了该序列的
内容;
2
.
碱基的排列情况,
反映了该序
列的形式
4.2
基于碱基含量特征分类的模型
将序列中的
A
,
G
,
T
、
C
的含量百分比
分别记为
na, ng, nt, nc
,则得到一组表征该
序列
特征的四维向
量
(na,ng,nt
,nc)
.
考虑到
na, ng, nt,
nc
线性相关
(na+ng+
nt+nc)=1
,所以我
们采用简
化的三维向量
(na, nt ,
ng)
来进行计算
.对于标号
为
i
的序列
,记它的特征向量
为
Xi
.
显然,任意
序列的特征向
量与一个
3
维
空间的点对应.
补充知识(判别分析)
判别分析是用于判别个体所属群体的一种统计方法,
判别分析的特点是根据已掌握的、历史上每个类别的若干
样本的数据信息,总结出客观事物分类的规律性,建立判
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属的类别。判别分析是一种应用性很强的统计数据分析方
法。
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jingyanzhi
2012-12-26
好资源,加深对数组矩阵的学习和应用
hz_chenwenbiao
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